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- PDB-7tnk: Complex GNNN of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliar... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7tnk
タイトルComplex GNNN of AMPA-subtype iGluR GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 (Stargazin) at low glutamate concentration (20 uM) in the presence of cyclothiazide (100 uM)
要素Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / AMPA (AMPA) / iGluR / Stargazin / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / complex / agonist (アゴニスト) / positive allosteric modulator (アロステリック調節因子) / subconductance level / opening / gating / glutamate (グルタミン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / spine synapse / dendritic spine neck ...neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / response to lithium ion / perisynaptic space / cellular response to glycine / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / excitatory synapse / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / protein targeting / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / voltage-gated calcium channel activity / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / somatodendritic compartment / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / cytoskeletal protein binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / SNARE binding / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / protein tetramerization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / establishment of protein localization / protein localization / terminal bouton / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / cerebral cortex development / シナプス小胞 / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / 成長円錐 / perikaryon / chemical synaptic transmission / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / 細胞膜 / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain ...PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOTHIAZIDE / グルタミン酸 / GRIA2 / Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Yelshanskaya, M.V. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS107253 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206573 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1818086 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Opening of glutamate receptor channel to subconductance levels.
著者: Maria V Yelshanskaya / Dhilon S Patel / Christopher M Kottke / Maria G Kurnikova / Alexander I Sobolevsky /
要旨: Ionotropic glutamate receptors (iGluRs) are tetrameric ligand-gated ion channels that open their pores in response to binding of the agonist glutamate. An ionic current through a single iGluR channel ...Ionotropic glutamate receptors (iGluRs) are tetrameric ligand-gated ion channels that open their pores in response to binding of the agonist glutamate. An ionic current through a single iGluR channel shows up to four discrete conductance levels (O1-O4). Higher conductance levels have been associated with an increased number of agonist molecules bound to four individual ligand-binding domains (LBDs). Here we determine structures of a synaptic complex of AMPA-subtype iGluR and the auxiliary subunit γ2 in non-desensitizing conditions with various occupancy of the LBDs by glutamate. We show that glutamate binds to LBDs of subunits B and D only after it is already bound to at least the same number of LBDs that belong to subunits A and C. Our structures combined with single-channel recordings, molecular dynamics simulations and machine-learning analysis suggest that channel opening requires agonist binding to at least two LBDs. Conversely, agonist binding to all four LBDs does not guarantee maximal channel conductance and favours subconductance states O1 and O2, with O3 and O4 being rare and not captured structurally. The lack of subunit independence and low efficiency coupling of glutamate binding to channel opening underlie the gating of synaptic complexes to submaximal conductance levels, which provide a potential for upregulation of synaptic activity.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera
B: Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera
C: Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera
D: Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,4869
ポリマ－461,7804
非ポリマー1,7075
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Isoform Flip of Glutamate receptor 2,Voltage-dependent calcium channel gamma-3 subunit chimera / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 / Neuronal voltage-gated calcium channel gamma-3 subunit / Transmembrane AMPAR regulatory protein gamma-3 / TARP gamma-3


分子量: 115444.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2, Cacng3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491, UniProt: Q8VHX0
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸 / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CYZ / CYCLOTHIAZIDE / 3-BICYCLO[2.2.1]HEPT-5-EN-2-YL-6-CHLORO-3,4- DIHYDRO-2H-1,2,4-BENZOTHIADIAZINE-7-SULFONAMIDE 1,1 DIOXIDE / (3S)-6-クロロ-3,4-ジヒドロ-3-[(1S,4S,5S)-ビシクロ[2.2.1]ヘプタ-2-エン-5-イル](以下略) / Cyclothiazide


分子量: 389.878 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16ClN3O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ionotropic glutamate receptor GluA2 in complex with auxiliary subunit gamma2 or Stargazin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 58.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40058 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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