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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tgc | |||||||||||||||||||||
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タイトル | [T:Ag+/Hg2+:T--(pH8.5-pH11; 90s in metals)] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle grown at pH 8.5 and soaked in pH 11 with Ag+ and Hg2+ for 90s | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / tensegrity triangle / self-assembling crystal / metal-mediated mismatch | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 5.19 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Lu, B. / Vecchioni, S. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystallographic pH Titration of Silver and Mercury Mediated DNA Base Pairs 著者: Lu, B. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Woloszyn, K. / Rothschild, L. / Wind, S. / Hendrickson, W. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Vecchioni, S. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tgc.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tgc.ent.gz | 43.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7tftC 7tfuC 7tfvC 7tfwC 7tfxC 7tfyC 7tfzC 7tg0C 7tg1C 7tg2C 7tg3C 7tg4C 7tg6C 7tg7C 7tg8C 7tg9C 7tgaC 7tgbC 7tgdC 8dxvC 8dxwC 8dxxC 8dxyC 8dxzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6463.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2066.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#4: DNA鎖 | 分子量: 2128.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris, magnesium sulfate, silver nitrate, mercury chloride Temp details: 338-293 at 0.4/hr |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.00743 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.19→64.14 Å / Num. obs: 2408 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 307.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 5.19→5.86 Å / Num. unique obs: 406 / CC1/2: 0.226 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 5.19→32.57 Å / SU ML: 1.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.354 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 468.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.19→32.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 5.19→32.57 Å
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