PDB-7t99: Crystal structure of engineered CYS-CYS fab dimer CL-205 (LC25)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t99

タイトル

Crystal structure of engineered CYS-CYS fab dimer CL-205 (LC25)

要素

FAB Heavy ChainFragment antigen-binding
FAB Light ChainFragment antigen-binding

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系)

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Harris, S.F. / Boenig, G.D.L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Antibody interfaces revealed through structural mining.
著者: Yin, Y. / Romei, M.G. / Sankar, K. / Pal, L.R. / Hoi, K.H. / Yang, Y. / Leonard, B. / De Leon Boenig, G. / Kumar, N. / Matsumoto, M. / Payandeh, J. / Harris, S.F. / Moult, J. / Lazar, G.A.

履歴

登録	2021年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t99.cif.gz	657.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t99.ent.gz	551.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t97C 7t98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FAB Heavy Chain

B: FAB Light Chain

C: FAB Heavy Chain

D: FAB Light Chain

E: FAB Heavy Chain

F: FAB Light Chain

H: FAB Heavy Chain

L: FAB Light Chain

ヘテロ分子

191 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAB Heavy Chain

B: FAB Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: FAB Heavy Chain

D: FAB Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: FAB Heavy Chain

F: FAB Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

H: FAB Heavy Chain

L: FAB Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.824, 62.451, 124.018
Angle α, β, γ (deg.)	89.990, 98.370, 89.890
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	FAB Heavy Chain / Fragment antigen-binding 分子量: 24329.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	FAB Light Chain / Fragment antigen-binding 分子量: 23498.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 3350, 100 mM sodium succinate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.631
1	1	-H, K, -L	2	0.369

反射

解像度: 2.65→62.45 Å / Num. obs: 37526 / % possible obs: 82.9 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.66-2.8	1.8	0.154	11023	5959	0.978	0.154	0.218	2.3	90.2
8.4-62.45	2	0.015	2543	1302	0.999	0.015	0.021	11.6	90.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→62.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 33.685 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2649	1514	4 %	RANDOM
R_work	0.1837	-	-	-
obs	0.1872	36011	82.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.24 Å² / B_iso mean: 63.732 Å² / B_iso min: 30.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-37 Å²	-2.81 Å²	3.72 Å²
2-	-	46 Å²	1.21 Å²
3-	-	-	-9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→62.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13132	0	10	71	13213
B_iso mean	-	-	55.32	45.74	-
残基数	-	-	-	-	1728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	13547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.646	18486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.212	1.577	28636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.846	5	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.824	22.69	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.507	15	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.233	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3076

LS精密化シェル

解像度: 2.651→2.719 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	107	-
R_work	0.206	2727	-
all	-	2834	-
obs	-	-	82.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3341	0.1446	1.1057	0.0243	0.1305	1.0784	-0.0158	0.283	0.17	-0.0076	0.0005	0.0138	0.115	0.316	0.0153	0.189	0.1633	-0.0678	0.2526	-0.0152	0.1287	-9.79	-14.2	-37.643
2	1.3147	0.2882	1.4517	0.3353	0.3177	2.2537	-0.0242	-0.1249	0.224	-0.0183	-0.12	0.0462	-0.1355	-0.2562	0.1442	0.1559	0.1741	-0.0408	0.227	-0.0743	0.1425	-21.042	-8.177	-24.753
3	1.3455	-0.0492	1.2628	0.4964	0.3911	1.7827	0.0631	-0.2415	0.1269	-0.0078	-0.0483	0.0704	0.1587	-0.1434	-0.0148	0.1442	0.1938	-0.0411	0.3509	-0.0808	0.2246	9.413	-45.435	37.981
4	1.5056	-0.4359	0.8113	0.2457	-0.2972	1.2935	-0.0527	0.1962	0.179	0.0266	-0.1105	-0.0251	-0.0423	0.1856	0.1632	0.1797	0.1547	-0.07	0.2535	0.0031	0.1138	20.632	-39.41	25.004
5	0.5703	-0.027	0.2039	0.1404	-0.0214	0.6435	-0.0557	0.1571	-0.0984	-0.045	-0.0749	0.0204	0.0144	0.2553	0.1307	0.1691	0.149	-0.0263	0.298	-0.0823	0.2018	16.531	-45.732	-38.704
6	0.2245	-0.0538	0.0033	0.3513	0.5828	1.1955	-0.1331	-0.0438	-0.1918	0.0123	-0.1	0.1005	-0.1578	-0.2469	0.2331	0.1828	0.1391	0.0027	0.248	-0.0588	0.2884	5.368	-39.146	-25.806
7	0.5802	-0.1766	0.918	0.5978	0.1746	1.9208	0.0226	-0.1065	-0.1186	-0.0007	0.0559	0.0204	0.0666	-0.1415	-0.0785	0.1209	0.1738	0.0023	0.2954	-0.0142	0.1974	-16.926	-14.41	38.966
8	1.1374	-0.2917	0.3533	0.4571	-0.3702	0.8665	-0.0699	0.1532	-0.2396	0.0013	-0.0779	0.056	-0.0699	0.174	0.1478	0.1666	0.1874	-0.0296	0.3155	-0.021	0.1392	-5.766	-7.839	26.042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 212
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	2 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	1 - 212

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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