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- PDB-7t1z: Structure of the Fbw7-Skp1-MycNdegron complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1z
タイトルStructure of the Fbw7-Skp1-MycNdegron complex
要素
  • F-box/WD repeat-containing protein 7
  • Myc proto-oncogene N terminal degron
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / WD40
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / ubiquitin recycling / ubiquitin-protein transferase activator activity ...negative regulation of SREBP signaling pathway / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of lipid storage / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / ubiquitin recycling / ubiquitin-protein transferase activator activity / regulation of mitophagy / PcG protein complex / phosphothreonine residue binding / regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of osteoclast development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / vasculature development / sister chromatid cohesion / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / SCF複合体 / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of Notch signaling pathway / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / lipid homeostasis / cullin family protein binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / 脈管形成 / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Notchシグナリング / Regulation of BACH1 activity / cyclin binding / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / molecular function activator activity / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / lung development / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein destabilization / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / regulation of circadian rhythm / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RUNX2 expression and activity / cellular response to UV / Cyclin D associated events in G1 / rhythmic process / regulation of protein localization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein-macromolecule adaptor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Circadian Clock / Downstream TCR signaling / Neddylation / 染色体 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / protein ubiquitination / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / DNA修復 / 中心体 / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / S-phase kinase-associated protein 1-like ...A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Wang, B. / Rusnac, D.V. / Clurman, B.E. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Two diphosphorylated degrons control c-Myc degradation by the Fbw7 tumor suppressor.
著者: Welcker, M. / Wang, B. / Rusnac, D.V. / Hussaini, Y. / Swanger, J. / Zheng, N. / Clurman, B.E.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-phase kinase-associated protein 1
B: F-box/WD repeat-containing protein 7
C: Myc proto-oncogene N terminal degron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4118
ポリマ－70,9303
非ポリマー4805
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.869, 232.869, 107.161
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 16771.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208
#2: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 7 / Archipelago homolog / hAgo / F-box and WD-40 domain-containing protein 7 / F-box protein FBX30 / ...Archipelago homolog / hAgo / F-box and WD-40 domain-containing protein 7 / F-box protein FBX30 / SEL-10 / hCdc4


分子量: 51584.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXW7, FBW7, FBX30, SEL10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969H0
#3: タンパク質・ペプチド Myc proto-oncogene N terminal degron


分子量: 2573.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.8 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bicine pH6.5, 1.6 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 37654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 52.88 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.77→2.82 Å / Num. unique obs: 1861 / CC1/2: 0.602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ovp

2ovp


解像度: 2.77→49.96 Å / SU ML: 0.4146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.1643
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 1999 5.31 %
Rwork0.2231 35655 -
obs0.2244 37654 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→49.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4578 0 25 99 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02564686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40376352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0823728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.26521709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.840.43311400.38162504X-RAY DIFFRACTION99.77
2.84-2.910.33021410.3212512X-RAY DIFFRACTION100
2.91-30.33061420.27742518X-RAY DIFFRACTION100
3-3.10.30731400.25722504X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.210.28411420.25282532X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.340.28661410.25562512X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.490.25991410.25382514X-RAY DIFFRACTION99.96
3.49-3.670.25471420.20132539X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.90.21381430.19822539X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.20.22521430.1952538X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.620.20511420.16682558X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.290.20671450.18082570X-RAY DIFFRACTION100
5.3-6.660.26161450.23792605X-RAY DIFFRACTION100
6.67-49.960.21831520.2252710X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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