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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rpb | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of OXA-24/40 V130D in complex with meropenem | |||||||||
要素 | Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/Inhibitor / acyl-enzyme complex (酵素反応) / carbapenemase (Β-ラクタマーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 炭酸水素塩 / Chem-MER / Β-ラクタマーゼ 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Powers, R.A. / Mitchell, J.M. / June, C.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Conformational flexibility in carbapenem hydrolysis drives substrate specificity of the class D carbapenemase OXA-24/40. 著者: Mitchell, J.M. / June, C.M. / Baggett, V.L. / Lowe, B.C. / Ruble, J.F. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rpb.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rpb.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rpb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/7rpb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7rp8C 7rp9C 7rpaC 7rpcC 7rpdC 7rpeC 7rpfC 7rpgC 3paeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27690.809 Da / 分子数: 1 / 変異: V130D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40, SI89_16690 プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RLA6, Β-ラクタマーゼ | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MER / ( | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS HCL, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1272 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→102.391 Å / Num. obs: 29280 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PAE 解像度: 1.97→102.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.566 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.63 Å2 / Biso mean: 46.132 Å2 / Biso min: 28.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→102.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.023 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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