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万見
- PDB-7rpa: X-ray crystal structure of OXA-24/40 K84D in complex with meropenem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rpa
タイトルX-ray crystal structure of OXA-24/40 K84D in complex with meropenem
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHydrolase/Inhibitor / acyl-enzyme complex (酵素反応) / carbapenemase (Β-ラクタマーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / Hydrolase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / beta-lactamase activity
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
炭酸水素塩 / Chem-MER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Powers, R.A. / Mitchell, J.M. / June, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI094489-02 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI072219 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Conformational flexibility in carbapenem hydrolysis drives substrate specificity of the class D carbapenemase OXA-24/40.
著者: Mitchell, J.M. / June, C.M. / Baggett, V.L. / Lowe, B.C. / Ruble, J.F. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A.
履歴
登録2021年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3095
ポリマ－27,6611
非ポリマー6494
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.770, 102.770, 86.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-444-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-24 ...Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Carbapenem-hydrolyzing class D beta-lactamase OXA-24 / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase OXA-40 / Carbapenemase OXA-24 / Class D beta-lactamase OXA-40 / OXA-24 class D beta-lactamase / OXA24 B-lactamase / Oxa40


分子量: 27660.760 Da / 分子数: 1 / 変異: K84D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40, SI89_16690
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RLA6, Β-ラクタマーゼ

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非ポリマー , 5種, 57分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form / メロペネム


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 2% v/v PEG 4000, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→86.02 Å / Num. obs: 21722 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.282 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.109 / Num. unique obs: 201 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.412 / Rrim(I) all: 1.187 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PAE

3pae


解像度: 2.27→86.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.725 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 1067 4.9 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2141 20515 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.19 Å2 / Biso mean: 62.96 Å2 / Biso min: 39.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.54 Å20 Å20 Å2
2---4.54 Å20 Å2
3---9.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→86.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1913 0 42 53 2008
Biso mean--80.06 61.4 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0122017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.6532733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2215250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55324.42195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.17315355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.601157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021526
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.333 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 91 -
Rwork0.353 1461 -
all-1552 -
obs--98.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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