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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rni | ||||||
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タイトル | Discovery of an Anion-Dependent Farnesyltransferase Inhibitor from a Phenotypic Screen | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tubulin deacetylation ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.978 Å | ||||||
データ登録者 | Hruza, A. / Strickland, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2021 タイトル: Discovery of an Anion-Dependent Farnesyltransferase Inhibitor from a Phenotypic Screen. 著者: Bukhtiyarova, M. / Cook, E.M. / Hancock, P.J. / Hruza, A.W. / Shaw, A.W. / Adam, G.C. / Barnard, R.J.O. / McKenna, P.M. / Holloway, M.K. / Bell, I.M. / Carroll, S. / Cornella-Taracido, I. / ...著者: Bukhtiyarova, M. / Cook, E.M. / Hancock, P.J. / Hruza, A.W. / Shaw, A.W. / Adam, G.C. / Barnard, R.J.O. / McKenna, P.M. / Holloway, M.K. / Bell, I.M. / Carroll, S. / Cornella-Taracido, I. / Cox, C.D. / Kutchukian, P.S. / Powell, D.A. / Strickland, C. / Trotter, B.W. / Tudor, M. / Wolkenberg, S. / Li, J. / Tellers, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rni.cif.gz | 598.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rni.ent.gz | 499.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44086.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48722.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 6種, 429分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-60I / [ | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-DMA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, KCL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.978→43.13 Å / Num. obs: 78499 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.978→1.985 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.137 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 798 / Rsym value: 1.137 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1O5M 解像度: 1.978→43.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.105
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.78 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.978→43.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→1.99 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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