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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r29 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TaCel5A E133Q Y200F variant with covalently linked cellotriose | ||||||
要素 | EGI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / cellulase (セルラーゼ) / GH5_5 family / GH-A clan / (a/b)8 barrel / Thermoascus aurantiacus | ||||||
機能・相同性 | Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / セルラーゼ / cellulase activity / cellulose catabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / alpha-cellotriose / セルラーゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Dutoit, R. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of TaCel5A E133Q Y200F variant with covalently linked cellotriose 著者: Dutoit, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r29.cif.gz | 275.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r29.ent.gz | 220.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/7r29 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gzjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33712.344 Da / 分子数: 2 / 変異: E133Q, Y200F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus ATCC 26904 (菌類) 遺伝子: eg1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TG26, セルラーゼ #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Reservoir solution: 0.1 M Tris pH6.0, 1.3 M ammonium sulfate Drop: 2 ul of protein solution mixed with 2 ul of reservoir solution and 0.2 ul microseeds Protein solution: 465 uM enzyme, 5 mM 2- ...詳細: Reservoir solution: 0.1 M Tris pH6.0, 1.3 M ammonium sulfate Drop: 2 ul of protein solution mixed with 2 ul of reservoir solution and 0.2 ul microseeds Protein solution: 465 uM enzyme, 5 mM 2-chloro-4-nitrophenyl-cellotriose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.28→44.7 Å / Num. obs: 148849 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.023 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.869 / Net I/σ(I): 16.14 / Num. measured all: 1938511 / Scaling rejects: 1133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1GZJ 解像度: 1.28→44.7 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.51 Å2 / Biso mean: 18.2651 Å2 / Biso min: 9.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.28→44.7 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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