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- PDB-7q1f: CPAP:TUBULIN:IE5 ALPHAREP COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1f
タイトルCPAP:TUBULIN:IE5 ALPHAREP COMPLEX
要素
  • Centromere protein Jセントロメア
  • IE5 ALPHAREP
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / MICROTUBULE (微小管) / CENTROMERE PROTEIN J (セントロメア) / CENTRIOLE (中心小体)
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / 微小管 / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.347 Å
データ登録者Campanacci, V. / Gigant, b.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Fondation ARC フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural convergence for tubulin binding of CPAP and vinca domain microtubule inhibitors.
著者: Campanacci, V. / Urvoas, A. / Ammar Khodja, L. / Aumont-Nicaise, M. / Noiray, M. / Lachkar, S. / Curmi, P.A. / Minard, P. / Gigant, B.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: IE5 ALPHAREP
D: IE5 ALPHAREP
P: Centromere protein J
R: Tubulin alpha chain
S: Tubulin beta chain
T: IE5 ALPHAREP
U: IE5 ALPHAREP
V: Centromere protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,46123
ポリマ－318,31710
非ポリマー3,14413
水12,827712
1
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: IE5 ALPHAREP
D: IE5 ALPHAREP
P: Centromere protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,82512
ポリマ－159,1595
非ポリマー1,6667
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
R: Tubulin alpha chain
S: Tubulin beta chain
T: IE5 ALPHAREP
U: IE5 ALPHAREP
V: Centromere protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,63611
ポリマ－159,1595
非ポリマー1,4776
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.088, 215.864, 95.536
Angle α, β, γ (deg.)90, 109.61, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 10分子 ARBSCDTUPV

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P7DY20
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: A0A6P3TCJ9
#3: タンパク質
IE5 ALPHAREP


分子量: 25173.736 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Centromere protein J / セントロメア


分子量: 8606.816 Da / 分子数: 2
Mutation: V319M, A320V, A361del, E362del, P364G, L365G, P366G, I367G, K368del, A369del
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPJ, CPAP, LAP, LIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 725分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 0.1 M Mes-K pH 6.8, 18.5 % PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.347→107.932 Å / Num. obs: 97303 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.347→2.609 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4866 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.415 / Rrim(I) all: 1.107

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GWC

6gwc


解像度: 2.347→107.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.562 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.526 / SU Rfree Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.266
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 4793 -RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1897 97303 68.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.475 Å20 Å2-0.935 Å2
2--6.9767 Å20 Å2
3----5.5017 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.347→107.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19345 0 193 712 20250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00819970HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9627168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6856SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3509HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19891HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2670SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16515SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.18
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.51 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 111 -
Rwork0.2197 --
obs0.2201 1947 7.73 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1151-0.39840.33831.4441-0.38691.20850.0037-0.0015-0.1181-0.00150.014-0.0368-0.1181-0.0368-0.0177-0.13840.0005-0.00430.0302-0.0209-0.1468-35.2493-50.659661.5359
21.9616-0.456-0.37122.02820.1041.8124-0.0670.00960.26270.0096-0.0004-0.08880.2627-0.08880.0674-0.1209-0.0391-0.0165-0.1004-0.0234-0.2175-19.3249-88.874669.2761
32.76-2.1424-0.50162.8057-0.36662.9383-0.06880.33740.69270.3374-0.0883-0.05220.6927-0.05220.15710.069-0.07920.0509-0.06770.1739-0.1035-13.221-101.1881.9363
41.4153-0.15220.6613.847-3.44485.6668-0.2080.754-0.91630.7540.2018-0.1719-0.9163-0.17190.0062-0.15480.0571-0.0011-0.2764-0.068-0.0711-43.2878-20.231162.3385
55.7821.74051.98190.17371.57386.29510.0788-0.00740.062-0.0074-0.03070.90480.0620.9048-0.0481-0.430.1537-0.0118-0.0711-0.20750.09718.2789-96.493271.329
60.83020.22970.33341.24920.69051.82680.02950.05460.19020.0546-0.0496-0.07480.1902-0.07480.0201-0.09220.0242-0.0050.02660.0222-0.19257.0757-60.967427.9274
72.97070.3775-0.34831.91840.02522.00780.1920.0472-0.35370.0472-0.0525-0.0592-0.3537-0.0592-0.1395-0.24240.01780.0232-0.27230.0288-0.00087.7491-22.236644.5607
83.50642.18491.67814.26471.44292.63890.08430.42620.7220.42620.23210.08180.7220.0818-0.3164-0.04990.0828-0.0089-0.2944-0.0064-0.210311.3825-91.871820.8305
92.38731.83491.546201.5157.9842-0.0390.1985-0.24340.1985-0.3506-0.179-0.2434-0.1790.3897-0.39340.19170.2460.0374-0.2544-0.0348-7.0426-13.593679.598
100.8142-0.0182-0.53192.46811.79321.79030.04420.3466-0.39960.34660.01620.2526-0.39960.2526-0.0604-0.1842-0.19240.0053-0.0428-0.08940.029217.453-10.849256.1567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ P|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ D|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ R|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ S|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ T|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ U|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ V|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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