PDB-7pjo: Crystal form 3 of CPR-C4: a cysteine protease from the Candidate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pjo

タイトル

Crystal form 3 of CPR-C4: a cysteine protease from the Candidate Phyla Radiation

要素

CPR-C4

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

cysteine protease (システインプロテアーゼ)

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Candidate division CPR1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.248 Å

データ登録者

Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: CPR-C4 is a highly conserved novel protease from the Candidate Phyla Radiation with remote structural homology to human vasohibins.
著者: Cornish, K.A.S. / Lange, J. / Aevarsson, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2021年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pjo.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pjo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/7pjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ob6SC 7ob7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: CPR-C4

BBB: CPR-C4

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.780, 77.545, 161.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	AAA	11 - 230
2	2	1	BBB	11 - 230

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	CPR-C4 分子量: 27331.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidate division CPR1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Lithium sulfate, Tris, PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.248→44.302 Å / Num. obs: 27119 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.99-44.26	11.4	0.033	5727	0.999	0.013	0.035
2.25-2.32	8.1	1.77	16676	0.36	0.905	1.998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.7	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OB6

7ob6

解像度: 2.248→44.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.2 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2246	1323	4.889 %
R_work	0.1788	25740	-
all	0.181	-	-
obs	-	27063	97.866 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.058 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.085 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.027 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.248→44.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3493	0	20	181	3694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.642	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.226	1.587	7827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.428	5	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.929	21.808	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.927	15	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.341	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.543	5.808	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.541	5.806	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.122	8.689	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.121	8.692	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.575	6.344	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.462	6.312	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.1	9.267	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.062	9.22	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.462	65.502	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.48	65.211	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	6903

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07959	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07959	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.248-2.306	0.305	68	0.301	1555	X-RAY DIFFRACTION	82.1356
2.306-2.369	0.327	78	0.292	1689	X-RAY DIFFRACTION	89.3778
2.369-2.438	0.24	96	0.25	1763	X-RAY DIFFRACTION	98.883
2.438-2.513	0.25	89	0.222	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.595	0.289	90	0.209	1713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.595-2.686	0.27	75	0.179	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.788	0.267	98	0.182	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-2.901	0.229	79	0.175	1532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.901-3.03	0.255	79	0.171	1477	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.178	0.172	61	0.155	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.178-3.35	0.249	62	0.184	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.553	0.229	69	0.189	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.553-3.798	0.202	55	0.171	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.103	0.202	66	0.153	1151	X-RAY DIFFRACTION	100
4.103-4.494	0.178	63	0.156	1034	X-RAY DIFFRACTION	100
4.494-5.024	0.172	56	0.14	956	X-RAY DIFFRACTION	100
5.024-5.8	0.235	47	0.171	841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8-7.101	0.266	46	0.186	728	X-RAY DIFFRACTION	100
7.101-10.033	0.197	32	0.163	590	X-RAY DIFFRACTION	100
10.033-44.26	0.416	14	0.263	353	X-RAY DIFFRACTION	98.3914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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