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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pin | |||||||||
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タイトル | Stacked compact Dunaliella PSII | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / green algae (緑藻) / photosystem II (光化学系II) / thylakoid (チラコイド) / oxygen evolving complex (酸素発生複合体) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / stacking | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dunaliella salina (しおひげむし) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Caspy, I. / Fadeeva, M. / Mazor, Y. / Nelson, N. | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structure of photosystem II reveals conformational flexibility of stacked and unstacked supercomplexes. 著者: Ido Caspy / Maria Fadeeva / Yuval Mazor / Nathan Nelson / 要旨: Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on ...Photosystem II (PSII) generates an oxidant whose redox potential is high enough to enable water oxidation , a substrate so abundant that it assures a practically unlimited electron source for life on earth . Our knowledge on the mechanism of water photooxidation was greatly advanced by high-resolution structures of prokaryotic PSII . Here, we show high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of eukaryotic PSII from the green alga at two distinct conformations. The conformers are also present in stacked PSII, exhibiting flexibility that may be relevant to the grana formation in chloroplasts of the green lineage. CP29, one of PSII associated light-harvesting antennae, plays a major role in distinguishing the two conformations of the supercomplex. We also show that the stacked PSII dimer, a form suggested to support the organisation of thylakoid membranes , can appear in many different orientations providing a flexible stacking mechanism for the arrangement of grana stacks in thylakoids. Our findings provide a structural basis for the heterogenous nature of the eukaryotic PSII on multiple levels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pin.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pin.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/7pin | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13444MC 7pi0C 7pi5C 7piwC 7pnkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem II ... , 11種, 43分子 AaA1a1BbB1b1VvV1v1CcC1c1DdD1d1HhH1h1IiI1i1Kk...
#1: タンパク質 | 分子量: 37291.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY08, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 53289.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRM6 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3217.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY13 #4: タンパク質 | 分子量: 49128.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXY3 #5: タンパク質 | 分子量: 38965.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRK9, 光化学系II #8: タンパク質 | 分子量: 7124.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP3 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3929.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX5 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4159.991 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXX2 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4417.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY19 #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3478.194 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY04 #19: タンパク質 | 分子量: 6430.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FXZ2 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 8分子 EeE1e1FfF1f1
#6: タンパク質 | 分子量: 8743.847 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: D0FY01 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3549.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A0A1C8XRP4 |
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-タンパク質・ペプチド , 5種, 20分子 JjJ1j1MmM1m1WwW1w1XxX1x1UuU1u1
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3737.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3307.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4698.315 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2854.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #25: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3219.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) |
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-タンパク質 , 7種, 28分子 OoO1o1PpP1p1NnN1n1GgG1g1RrR1r1SsS1s1YyY1y1
#14: タンパク質 | 分子量: 25874.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #15: タンパク質 | 分子量: 20425.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #20: タンパク質 | 分子量: 24075.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #21: タンパク質 | 分子量: 23719.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) / 参照: UniProt: A1XKU7 #22: タンパク質 | 分子量: 21163.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #23: タンパク質 | 分子量: 26233.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) #24: タンパク質 | 分子量: 23537.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dunaliella salina (しおひげむし) |
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-糖 , 2種, 20分子
#37: 糖 | ChemComp-DGD / #52: 糖 | ChemComp-LMT / |
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