PDB-7pcx: X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-Q165W LAB...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pcx

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-Q165W LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE

要素

Haloalkane dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / HALOALKANE DEHALOGENASE / HALO / TAG / HALOTAG7 / SELF-LABELING PROTEIN / FLUOROPHORE / TETRAMETHYLRHODAMINE

機能・相同性

機能・相同性情報

haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Tarnawski, M. / Frei, M. / Hiblot, J. / Johnsson, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2022
タイトル: Engineered HaloTag variants for fluorescence lifetime multiplexing.
著者: Frei, M.S. / Tarnawski, M. / Roberti, M.J. / Koch, B. / Hiblot, J. / Johnsson, K.

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pcx.cif.gz	476.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pcx.ent.gz	313.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pcx_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pcx_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7pcx_validation.xml.gz	68.9 KB	表示
CIF形式データ	7pcx_validation.cif.gz	102 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zvyC 7pcwC 6y7aS 6zvu 6zvv 6zvw 6zvx C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7pcx-5 7pcw-3 6y7b-5 7pcx-3 7pcw-2 6zvy-1 6y7b-2 6zvx-d 6zvw-1 6zcc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloalkane dehalogenase

B: Haloalkane dehalogenase

C: Haloalkane dehalogenase

D: Haloalkane dehalogenase

E: Haloalkane dehalogenase

F: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

204 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.960, 149.150, 79.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.965, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Haloalkane dehalogenase 分子量: 33284.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-OEH / [9-[2-carboxy-5-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium 分子量: 637.185 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₃ClN₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M lithium chloride, 21% (m/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月26日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 300540 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.42 % / B_iso Wilson estimate: 11.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 22.96
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.31 % / R_merge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 6.09 / Num. unique obs: 56041 / CC_1/2: 0.957 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y7A

6y7a

解像度: 1.4→39.86 Å / SU ML: 0.1687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 18.4517
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	15024	5 %
R_work	0.1755	285456	-
obs	0.1766	300480	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14130	0	312	1159	15601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	15107
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9097	20684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0838	2142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9401	5699

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.4031	499	0.3997	9485	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.42-1.43	0.3338	497	0.3253	9457	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.43-1.45	0.2916	500	0.2634	9486	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.45-1.47	0.2651	500	0.2263	9512	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.47-1.49	0.2391	499	0.2049	9465	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.49-1.51	0.233	505	0.1852	9609	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.51-1.53	0.1962	496	0.1692	9428	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.53-1.55	0.2048	500	0.1705	9491	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.55-1.58	0.2113	502	0.1756	9538	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.58-1.6	0.2143	501	0.1794	9519	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.6-1.63	0.2152	504	0.186	9577	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.63-1.66	0.2202	501	0.1944	9520	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.66-1.69	0.2032	501	0.1764	9525	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.69-1.73	0.1926	501	0.1641	9510	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.73-1.76	0.183	501	0.1592	9513	X-RAY DIFFRACTION	99.16
1.76-1.8	0.1843	500	0.1596	9513	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.8-1.85	0.1883	504	0.1605	9560	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.85-1.9	0.1815	501	0.1625	9534	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.9-1.96	0.1955	502	0.1597	9537	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.96-2.02	0.1867	500	0.1612	9487	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.02-2.09	0.1943	498	0.1658	9476	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.09-2.17	0.1826	500	0.1637	9500	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.17-2.27	0.1878	501	0.168	9515	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.27-2.39	0.1952	500	0.1692	9499	X-RAY DIFFRACTION	98.97
2.39-2.54	0.1826	503	0.1755	9548	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.54-2.74	0.1853	503	0.1795	9568	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.74-3.02	0.1864	503	0.1785	9546	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.02-3.45	0.2015	502	0.1735	9550	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.45-4.35	0.1808	500	0.1603	9492	X-RAY DIFFRACTION	98.4
4.35-39.86	0.1962	500	0.1712	9496	X-RAY DIFFRACTION	97.31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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