PDB-7p4r: Ultra High Resolution X-ray Structure of Orthorhombic Bovine Panc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p4r

タイトル

Ultra High Resolution X-ray Structure of Orthorhombic Bovine Pancreatic Ribonuclease at 100K

要素

Ribonuclease pancreatic

Pancreatic ribonuclease family

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Nucleic acid (核酸) /

RNA (リボ核酸) / multiple conformations / water structure

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Lisgarten, D.R. / Palmer, R.A. / Cooper, J.B. / Naylor, C.E. / Howlin, B.J. / Lisgarten, J.N. / Najmudin, S. / Lobley, C.M.C.

引用

ジャーナル: BMC Chem / 年: 2023
タイトル: Ultra-high resolution X-ray structure of orthorhombic bovine pancreatic Ribonuclease A at 100K.
著者: Lisgarten, D.R. / Palmer, R.A. / Cooper, J.B. / Naylor, C.E. / Talbert, R.C. / Howlin, B.J. / Lisgarten, J.N. / Konc, J. / Najmudin, S. / Lobley, C.M.C.

履歴

登録	2021年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年8月16日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p4r.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p4r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rn3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (9)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (9)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.998, 45.697, 51.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 器官: Pancreas膵臓 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール分子量: 46.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.3 % 解説: The Ribonuclease A crystals were long needles of the order of 0.5 mm long by about 0.05 mm by 0.05 mm.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 100mg of powdered Ribonuclease A in 1ml of distilled water dissolved in 2ml of ice cold absolute ethanol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.77 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.77 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.85→51.89 Å / Num. obs: 87934 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 0.85→0.86 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2925 / R_pim(I) all: 0.55 / R_rim(I) all: 0.893 / % possible all: 65.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3rn3

3rn3

解像度: 0.85→34.294 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / WR_factor R_free: 0.122 / WR_factor R_work: 0.106 / SU B: 0.399 / SU ML: 0.011 / Average fsc free: 0.9674 / Average fsc work: 0.9705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1291	4279	5.014 %
R_work	0.1123	81067	-
all	0.113	-	-
obs	-	85346	92.225 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.596 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.173 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.379 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.551 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→34.294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	68	293	1312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.474	1.666	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.68	1.611	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.503	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.722	24.516	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.537	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.337	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.02	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.107	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.331	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.301	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.383	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.344	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.352	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	0.405	565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.922	0.405	564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.255	0.619	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.254	0.619	719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.582	0.594	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.45	0.577	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.726	0.816	941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.348	0.774	900
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.422	9.829	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.251	6.633	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.284	3	2414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.85-0.872	0.283	192	0.273	3950	0.273	6769	0.824	0.858	61.1907	0.243
0.872-0.896	0.238	268	0.231	4866	0.231	6623	0.913	0.911	77.5177	0.202
0.896-0.922	0.177	264	0.183	5377	0.183	6414	0.953	0.948	87.9482	0.156
0.922-0.95	0.175	270	0.156	5446	0.157	6201	0.955	0.961	92.1787	0.129
0.95-0.981	0.15	300	0.136	5361	0.137	6061	0.965	0.969	93.4004	0.114
0.981-1.016	0.128	286	0.116	5249	0.117	5867	0.974	0.978	94.3412	0.098
1.016-1.054	0.113	250	0.099	5098	0.1	5628	0.982	0.984	95.0249	0.083
1.054-1.097	0.1	282	0.087	4978	0.087	5476	0.985	0.988	96.0555	0.074
1.097-1.146	0.099	244	0.08	4819	0.081	5214	0.987	0.99	97.104	0.069
1.146-1.202	0.087	256	0.074	4652	0.075	5029	0.99	0.992	97.594	0.065
1.202-1.267	0.093	240	0.078	4453	0.079	4783	0.99	0.991	98.1183	0.07
1.267-1.343	0.098	232	0.083	4213	0.084	4520	0.988	0.989	98.3407	0.076
1.343-1.436	0.106	213	0.082	4003	0.083	4271	0.985	0.989	98.7122	0.076
1.436-1.551	0.105	211	0.084	3724	0.085	3969	0.986	0.989	99.1434	0.08
1.551-1.698	0.109	187	0.09	3461	0.091	3676	0.986	0.988	99.2383	0.089
1.698-1.898	0.121	157	0.097	3165	0.098	3341	0.983	0.986	99.4313	0.1
1.898-2.191	0.125	169	0.101	2808	0.102	2985	0.982	0.985	99.732	0.108
2.191-2.681	0.141	115	0.114	2407	0.115	2525	0.977	0.983	99.8812	0.126
2.681-3.779	0.138	88	0.131	1912	0.131	2007	0.98	0.98	99.6512	0.155
3.779-34.294	0.207	55	0.162	1125	0.164	1182	0.969	0.974	99.8308	0.232

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関連情報:EMDBヘッダ

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