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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oqp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human METTL3-METTL14 complex with compound UOZ113 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / METTL3 / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m(6)A methyltransferase activity / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / endothelial to hematopoietic transition / RNA methyltransferase activity / regulation of meiotic cell cycle ...mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA m(6)A methyltransferase activity / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / endothelial to hematopoietic transition / RNA methyltransferase activity / regulation of meiotic cell cycle / メチル化 / primary miRNA processing / : / forebrain radial glial cell differentiation / gliogenesis / dosage compensation by inactivation of X chromosome / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of T cell differentiation / regulation of neuron differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / oogenesis / stem cell population maintenance / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translation / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / 概日リズム / cellular response to UV / 精子形成 / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / mRNA binding / 自然免疫系 / DNA damage response / ゴルジ体 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bedi, R.K. / Huang, D. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023 タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors of the m6A-RNA Writer Enzyme METTL3 著者: Bedi, R.K. / Huang, D. / Li, Y. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oqp.cif.gz | 133.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oqp.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7nhgC 7nhhC 7nhiC 7nhjC 7nhvC 7ni7C 7ni8C 7ni9C 7niaC 7nidC 7oedC 7oeeC 7oefC 7oegC 7oehC 7oeiC 7oejC 7oekC 7oelC 7oemC 7oqlC 7oqoC 5l6dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28144.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33621.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HCE5 |
#3: 化合物 | ChemComp-0BH / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 400mM Mg acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→49.8 Å / Num. obs: 37395 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 39.96 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Num. unique obs: 5861 / CC1/2: 0.577 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5L6D 解像度: 2→49.75 Å / SU ML: 0.2638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.5185 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→49.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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