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- PDB-7on1: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7on1
タイトルCenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
要素
  • BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
  • DNA (123-MER)
  • DNA (152-MER)
  • Histone H2AヒストンH2A
  • Histone H2BヒストンH2B
  • Histone H4ヒストンH4
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Kinetochore (動原体) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / RmlC-like jelly roll fold / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / MIF2 isoform 1 / CSE4 isoform 1 / ヒストンH2B / ヒストンH2A / ヒストンH4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Yan, K. / Yang, J. / Zhang, Z. / Barford, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
著者: Yan, K. / Yang, J. / Zhang, Z. / Barford, D.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12993
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12993
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1
b: Histone H4
d: Histone H2B
e: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
f: Histone H4
g: Histone H2A
h: Histone H2B
c: Histone H2A
I: DNA (152-MER)
J: DNA (123-MER)
a: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
D: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,54512
ポリマ－342,54512
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area50390 Å2
ΔGint-349 kcal/mol
Surface area72860 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 CDbfdheagc

#1: タンパク質 BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0032560.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003950.mRNA.1.CDS.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Y55_ ...BJ4_G0032560.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003950.mRNA.1.CDS.1 / Inner kinetochore subunit MIF2 / Y55_G0004160.mRNA.1.CDS.1


分子量: 62553.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3513, PACBIOSEQ_LOCUS3568, PACBIOSEQ_LOCUS3643, PACBIOSEQ_LOCUS3923, SCNYR20_0010011700, SCP684_0010011600
細胞株 (発現宿主): Hi 5 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A6A5PSM0
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11523.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS211, PACBIOSEQ_LOCUS221, PACBIOSEQ_LOCUS224, PACBIOSEQ_LOCUS227, PACBIOSEQ_LOCUS231, PACBIOSEQ_LOCUS238, PACBIOSEQ_LOCUS256, PACBIOSEQ_LOCUS257, PACBIOSEQ_LOCUS4758, ...遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS211, PACBIOSEQ_LOCUS221, PACBIOSEQ_LOCUS224, PACBIOSEQ_LOCUS227, PACBIOSEQ_LOCUS231, PACBIOSEQ_LOCUS238, PACBIOSEQ_LOCUS256, PACBIOSEQ_LOCUS257, PACBIOSEQ_LOCUS4758, PACBIOSEQ_LOCUS5031, PACBIOSEQ_LOCUS5100, PACBIOSEQ_LOCUS5103, PACBIOSEQ_LOCUS5119, PACBIOSEQ_LOCUS5144, PACBIOSEQ_LOCUS5156, PACBIOSEQ_LOCUS5208, PACBIOSEQ_LOCUS5512, PACBIOSEQ_LOCUS5605, SCNYR20_0007010300, SCNYR20_0008026600, SCP684_0007010000, SCP684_0008026100
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1V3
#3: タンパク質 Histone H2B / ヒストンH2B


分子量: 14408.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS1150, PACBIOSEQ_LOCUS1153, PACBIOSEQ_LOCUS1155, PACBIOSEQ_LOCUS1161, PACBIOSEQ_LOCUS1171, PACBIOSEQ_LOCUS1174, PACBIOSEQ_LOCUS1245, PACBIOSEQ_LOCUS1286, SCNYR20_0001041200, SCP684_0001040800
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PZQ7
#4: タンパク質 BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0004330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0004320.mRNA.1.CDS.1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / ...HLJ1_G0004330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0004320.mRNA.1.CDS.1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / SX2_G0004350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27013.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3556, PACBIOSEQ_LOCUS3600, PACBIOSEQ_LOCUS3611, PACBIOSEQ_LOCUS3648, SCP684_0010015800
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PV75
#5: タンパク質 Histone H2A / ヒストンH2A


分子量: 14141.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS1081, PACBIOSEQ_LOCUS1151, PACBIOSEQ_LOCUS1154, PACBIOSEQ_LOCUS1156, PACBIOSEQ_LOCUS1162, PACBIOSEQ_LOCUS1172, PACBIOSEQ_LOCUS1175, PACBIOSEQ_LOCUS1287, SCNYR20_0001041300, SCP684_0001040900
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1K4

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#6: DNA鎖 DNA (152-MER)


分子量: 45138.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: DNA鎖 DNA (123-MER)


分子量: 38125.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-CCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Kinetochore subunit動原体COMPLEX#11RECOMBINANT
3HistonesヒストンCOMPLEX#2-#51RECOMBINANT
4DNA (152-MER), DNA (123-MER)COMPLEX#6-#71RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
34Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12unidentified baculovirus (ウイルス)10469
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124953 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 84.62 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002411843
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42317056
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0291955
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00281299
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.54076275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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