+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oct | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NADPH bound to the dehydrogenase domain of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD-N374A from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | HAD hydrolase, family IA, variant 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mannitol (マンニトール) / Dehydrogenase (脱水素酵素) / Phosphatase (ホスファターゼ) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Fructose-6-phosphate (フルクトース-6-リン酸) / HAD hydrolase family IA variant 3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation. 著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oct.cif.gz | 570.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7oct.ent.gz | 474.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oct | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83505.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2 |
---|
-非ポリマー , 9種, 95分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-K / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.2M Na2SO4, 18% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.1M potassium acetate with microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→48.43 Å / Num. obs: 40545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 491072 / Scaling rejects: 114 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7OCN 解像度: 2.85→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 43.46 / SU ML: 0.393 / SU R Cruickshank DPI: 0.3757 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 182.83 Å2 / Biso mean: 75.843 Å2 / Biso min: 18.52 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→48.43 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|