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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ocn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD from Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | HAD hydrolase, family IA, variant 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Mannitol (マンニトール) / Dehydrogenase (脱水素酵素) / Phosphatase (ホスファターゼ) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Fructose-6-phosphate (フルクトース-6-リン酸) / HAD hydrolase family IA variant 3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation. 著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ocn.cif.gz | 560.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ocn.ent.gz | 483.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ocn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7ocn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7ocn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83548.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2 |
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-非ポリマー , 7種, 82分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-BR / | #7: 化合物 | ChemComp-EPE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.2M Na2SO4, 16% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.2M NaBr with microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→48.52 Å / Num. obs: 53387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 741229 / Scaling rejects: 53 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 36.534 / SU ML: 0.341 / SU R Cruickshank DPI: 0.8518 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.852 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 218.91 Å2 / Biso mean: 92.703 Å2 / Biso min: 42.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→48.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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