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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o4u | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the alpha subunit of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with oxidized nicotinamide adenine dinucleotide | ||||||||||||
要素 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / trifunctional enzyme / fatty acid beta oxidation / mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dalwani, S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R. | ||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021 タイトル: Substrate specificity and conformational flexibility properties of the Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme. 著者: Dalwani, S. / Lampela, O. / Leprovost, P. / Schmitz, W. / Juffer, A.H. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R. #1: ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2013 タイトル: Structure of Mycobacterial Beta-Oxidation Trifunctional Enzyme Reveals its Altered Assembly and Putative Substrate Channeling Pathway 著者: Venkatesan, R. / Wierenga, R.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o4u.cif.gz | 648 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o4u.ent.gz | 449.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7o1gC 7o1iC 7o1jC 7o1kC 7o1lC 7o1mC 7o4qC 7o4rC 7o4sC 7o4tC 7o4vC 4b3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78005.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: fadB, Rv0860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O53872, 3-ヒドロキシアシルCoAデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 4000, 0.1 M TEA pH 7.5, 20% IPA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→88.9 Å / Num. obs: 38685 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 59.37 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Num. unique obs: 4735 / CC1/2: 0.867 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4B3H 解像度: 2.7→88.9 Å / SU ML: 0.4947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.72 / 位相誤差: 30.8834 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→88.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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