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- PDB-7nqu: Plasmodium falciparum Hsp70-x chaperone nucleotide binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nqu
タイトルPlasmodium falciparum Hsp70-x chaperone nucleotide binding domain in complex with Z396380540
要素Heat shock protein 70Hsp70
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Intra-erythrocytic / AMP-PNP / Ligand (配位子)
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
AMP PHOSPHORAMIDATE / Chem-HR5 / リン酸塩 / Heat shock 70 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Mohamad, N. / O'Donoghue, A. / Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R021759/1 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission752069European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of P. falciparum Hsp70-x nucleotide binding domain with small molecule ligands
著者: Mohamad, N. / O'Donoghue, A. / Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I.
履歴
登録2021年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 70
B: Heat shock protein 70
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,49625
ポリマ－85,6572
非ポリマー2,84023
水3,423190
1
A: Heat shock protein 70
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,29514
ポリマ－42,8281
非ポリマー1,46613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heat shock protein 70
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,20211
ポリマ－42,8281
非ポリマー1,37310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.89, 102.45, 103.69
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heat shock protein 70 / Hsp70 / Hsp70-x


分子量: 42828.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0831700 / プラスミド: pFLOAT
詳細 (発現宿主): pET30a derivative with N-terminal His6-tag and HRV 3C cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K7NTP5

-
非ポリマー , 7種, 213分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AN2 / AMP PHOSPHORAMIDATE / アミドりん酸5′-アデニリル


分子量: 426.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-HR5 / ~{N}-(cyclobutylmethyl)-1,5-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 207.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH 7.4 50 mM NaCl 1 mM DTT 3.5 mM AMP-PNP 24% w/v PEG 1500 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→63.28 Å / Num. obs: 48320 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2383 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 1.601 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZQ

6rzq


解像度: 2.13→63.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 2316 -RANDOM
Rwork0.2203 ---
obs0.2211 48256 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.7356 Å20 Å20 Å2
2---22.2275 Å20 Å2
3---5.4918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→63.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5869 0 176 190 6235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086139HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.978260HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2225SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1037HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6139HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion816SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4950SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.26
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4198 47 -
Rwork0.3487 --
obs0.3522 966 100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8572-0.0903-0.17452.22810.78252.92380.0330.0211-0.01080.02110.0925-0.023-0.0108-0.023-0.1255-0.6759-0.00720.0455-0.41880.0341-0.553230.156377.175954.6943
25.2420.1917-1.43022.5255-0.67484.24860.1412-0.085-1.4258-0.0850.0342-0.4416-1.4258-0.4416-0.1754-0.22230.1115-0.0059-0.39230.0677-0.373447.53475.160314.8315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A33 - 418
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A504
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A601 - 803
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1301 - 3001
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B33 - 414
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B503
7X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B604 - 703
8X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1101 - 2301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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