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万見
- PDB-7nbl: Solution structure of DNA:RNA hybrid containing a 2'-deoxy-2'2'-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbl
タイトルSolution structure of DNA:RNA hybrid containing a 2'-deoxy-2'2'-difluorodeoxycytidine (gemcitabine) modification
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / Fluorine modification / modified DNA / gemcitabine (ゲムシタビン)
機能・相同性デオキシリボ核酸 / リボ核酸
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Cabrero, C. / Martin-Pintado, N. / Mazzini, S. / Gargallo, R. / Eritja, R. / Avino, A. / Gonzalez, C.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPRE2018-083173 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-89707-P スペイン
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Structural Effects of Incorporation of 2 -Deoxy-2 2 -difluorodeoxycytidine (Gemcitabine) in A- and B-form Duplexes.
著者: Cabrero, C. / Martin-Pintado, N. / Mazzini, S. / Gargallo, R. / Eritja, R. / Avino, A. / Gonzalez, C.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9902
ポリマ－4,9902
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area850 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area3230 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3')


分子量: 2447.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3')


分子量: 2542.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
232isotropic12D 1H-1H COSY
242isotropic12D 1H-1H NOESY
252isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 M DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3'), 0.5 M RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3'), 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.5 % v/v DSS, 90% H2O/10% D2ODiFs_Hybrid90% H2O/10% D2O
solution20.5 M DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3'), 0.5 M RNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3'), 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.5 % v/v DSS, 100% D2ODiFs_Hybrid_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 MDNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3')natural abundance1
0.5 MRNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3')natural abundance1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.5 % v/vDSSnatural abundance1
0.5 MDNA (5'-D(*CP*TP*AP*(FFC)P*AP*CP*GP*G)-3')natural abundance2
0.5 MRNA (5'-R(*CP*CP*GP*UP*GP*UP*AP*G)-3')natural abundance2
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.5 % v/vDSSnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1125 mMT57 1 atm278 K
2125 mMT257 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRFAM-SPARKYGoddard & Knellerchemical shift assignment
Amber18Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
Amber18Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
3DNALu & Olsonデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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