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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n91 | ||||||
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タイトル | P70 S6K1 IN COMPLEX WITH MSC2317067A-1 | ||||||
要素 | Ribosomal protein S6 kinase beta-1リボソーム | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / Kinase Domain (キナーゼ) / Inhibitor / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon / response to testosterone / positive regulation of smooth muscle cell migration / MTOR / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / positive regulation of translational initiation / skeletal muscle contraction / behavioral fear response / response to tumor necrosis factor / response to glucose / long-term memory / response to mechanical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / response to nutrient levels / positive regulation of translation / protein phosphatase 2A binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PDZ domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / response to toxic substance / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / 遊走 / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Mochalkin, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Identification of Clinical Candidate M2698, a Dual p70S6K and Akt Inhibitor, for Treatment of PAM Pathway-Altered Cancers. 著者: DeSelm, L. / Huck, B. / Lan, R. / Neagu, C. / Potnick, J. / Xiao, Y. / Chen, X. / Jones, R. / Richardson, T.E. / Heasley, B.H. / Haxell, T. / Moore, J. / Tian, H. / Georgi, K. / Rohdich, F. / ...著者: DeSelm, L. / Huck, B. / Lan, R. / Neagu, C. / Potnick, J. / Xiao, Y. / Chen, X. / Jones, R. / Richardson, T.E. / Heasley, B.H. / Haxell, T. / Moore, J. / Tian, H. / Georgi, K. / Rohdich, F. / Sutton, A. / Johnson, T. / Mochalkin, I. / Jackson, J. / Lin, J. / Crowley, L. / Machl, A. / Clark, A. / Wilker, E. / Sherer, B. / Goutopoulos, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n91.cif.gz | 137.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n91.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n91.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/7n91 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7n93C 3a60S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38546.258 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (81-421) DIGEST / 変異: T412E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, STK14A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M Bis-Tris pH 5.5, 0.1M Li2SO4, 26-28% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→46.52 Å / Num. obs: 13883 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.87 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.17 Å / 冗長度: 5.49 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique obs: 2106 / Rrim(I) all: 0.564 / % possible all: 95.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3a60 解像度: 3→46.52 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 97.15 Å2 / Biso mean: 47.7211 Å2 / Biso min: 18.04 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.52 Å
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