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- PDB-7lw8: Human Exonuclease 5 crystal structure in complex with a ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lw8
タイトルHuman Exonuclease 5 crystal structure in complex with a ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Exonuclease VRecBCD
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / interstrand cross-link repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RecBCD / Exonuclease V - a 5' deoxyribonuclease / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / 鉄・硫黄クラスター / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / RecBCD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Tsai, C.L. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA22043 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA092584 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: EXO5-DNA structure and BLM interactions direct DNA resection critical for ATR-dependent replication restart.
著者: Hambarde, S. / Tsai, C.L. / Pandita, R.K. / Bacolla, A. / Maitra, A. / Charaka, V. / Hunt, C.R. / Kumar, R. / Limbo, O. / Le Meur, R. / Chazin, W.J. / Tsutakawa, S.E. / Russell, P. / ...著者: Hambarde, S. / Tsai, C.L. / Pandita, R.K. / Bacolla, A. / Maitra, A. / Charaka, V. / Hunt, C.R. / Kumar, R. / Limbo, O. / Le Meur, R. / Chazin, W.J. / Tsutakawa, S.E. / Russell, P. / Schlacher, K. / Pandita, T.K. / Tainer, J.A.
履歴
登録2021年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease V
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0076
ポリマ－42,4622
非ポリマー5454
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.170, 83.980, 96.355
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exonuclease V / RecBCD / Exo V / hExo5 / Defects in morphology protein 1 homolog


分子量: 38856.949 Da / 分子数: 1 / 変異: G145V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXO5, C1orf176, DEM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H790, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3605.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 45分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350 and 0.2 M lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→48.18 Å / Num. obs: 9904 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.436 / Rpim(I) all: 0.126 / Rrim(I) all: 0.455 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.88-3.04132.0431.614070.620.5852.126100
9.11-48.1810.90.13716.23700.9940.0450.14599.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.81 Å48.18 Å
Translation5.81 Å48.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LW7

7lw7


解像度: 2.88→48.178 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 478 4.84 %
Rwork0.2046 9394 -
obs0.2073 9872 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.26 Å2 / Biso mean: 39.7004 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→48.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 184 21 41 2341
Biso mean--37.08 35.98 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4813247
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.441376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.88-3.29670.27621420.24263064
3.2967-4.15310.27031490.1993106
4.1531-48.1780.24581870.19313224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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