PDB-7lti: X-ray radiation damage series on Proteinase K at 100K, crystal st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lti

タイトル

X-ray radiation damage series on Proteinase K at 100K, crystal structure, dataset 2

要素

Proteinase K

プロテイナーゼK

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

radiation damage / conformational heterogeneity /

protease (プロテアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.91 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lti.cif.gz	236.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lti.ent.gz	159.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7C 7ln8C 7ln9C 7lnbC 7lncC 7lndC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lpvC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7lqcC 7ltdSC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu2C 7lu3C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.721, 67.721, 101.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Proteinase K / プロテイナーゼK / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	the residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density ...the residue at position 207 was modeled as aspartate instead of serine because the electron density unambiguously indicates an aspartate at this position. This is consistent with other high-resolution crystal structures with aspartate at this position

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of precipitant solution (0.5 M Sodium Nitrate).

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.74 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.91→40.62 Å / Num. obs: 166939 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 7.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 0.91→0.93 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 1.436 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 6703 / R_pim(I) all: 0.922 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LTD

7ltd

解像度: 0.91→33.86 Å / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.8715
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1701	8050	4.87 %
R_work	0.1525	157092	-
obs	0.1533	165142	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.91→33.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	21	428	2481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	2622
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9006	3613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0157	955

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.91-0.92	0.3442	135	0.3347	3020	X-RAY DIFFRACTION	56.93
0.92-0.93	0.3203	261	0.3164	4915	X-RAY DIFFRACTION	93.53
0.93-0.94	0.2939	269	0.3	5133	X-RAY DIFFRACTION	97.51
0.94-0.95	0.3081	280	0.2821	5211	X-RAY DIFFRACTION	98.83
0.95-0.97	0.2648	268	0.2781	5239	X-RAY DIFFRACTION	99.35
0.97-0.98	0.2921	262	0.2689	5229	X-RAY DIFFRACTION	99.67
0.98-0.99	0.2971	266	0.2607	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.84
0.99-1.01	0.2662	270	0.2417	5306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.01-1.02	0.2651	272	0.233	5280	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.02-1.04	0.2426	259	0.2298	5295	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.04-1.06	0.2229	285	0.216	5250	X-RAY DIFFRACTION	100
1.06-1.08	0.2129	271	0.2012	5291	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.08-1.1	0.2198	300	0.1875	5255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.12	0.2055	262	0.1788	5280	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.12-1.15	0.1817	318	0.1662	5282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.17	0.181	280	0.1646	5276	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.17-1.2	0.1652	263	0.1581	5323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2-1.24	0.1784	269	0.1544	5304	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.24-1.27	0.1792	275	0.1527	5318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.31	0.1625	255	0.1488	5342	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.36	0.1686	291	0.142	5288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.41	0.1685	254	0.1447	5379	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.48	0.155	243	0.1374	5363	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.48-1.56	0.1565	280	0.1291	5334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.65	0.1552	263	0.1316	5401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.78	0.1487	235	0.1349	5447	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.96	0.1514	303	0.1351	5360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.24	0.1415	301	0.1269	5414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.83	0.1464	280	0.1268	5521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-33.86	0.143	280	0.1308	5767	X-RAY DIFFRACTION	99.98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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