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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k35 | ||||||
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タイトル | EQADH-NADH-4-METHYLBENZYL ALCOHOL, p21 | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alcohol dehydrogenase (アルコールデヒドロゲナーゼ) / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド) / horse liver | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021 タイトル: Alternative binding modes in abortive NADH-alcohol complexes of horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: Plapp, B.V. / Subramanian, R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes. 著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: Horse Liver Alcohol Dehydrogenase: Zinc Coordination and Catalysis. 著者: Plapp, B.V. / Savarimuthu, B.R. / Ferraro, D.J. / Rubach, J.K. / Brown, E.N. / Ramaswamy, S. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structures of horse liver alcohol dehydrogenase complexed with NAD+ and substituted benzyl alcohols. 著者: Ramaswamy, S. / Eklund, H. / Plapp, B.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k35.cif.gz | 575.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k35.ent.gz | 464 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k35.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k35 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 39853.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) 参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1266分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAI / #4: 化合物 | ChemComp-VTG / ( #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: BLOCK |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: microdialysis / pH: 7 詳細: 10 MG/ML ENZYME DIALYZED AGAINST 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYLMETHYL)METHYL]2-AMINOETHANE SULFONATE (PH 6.7 AT 25 DEG C) WITH 1 MM NAD+ AND 10 MM 4-METHY-BENZYL ALCOHOL AS THE CONCENTRATION ...詳細: 10 MG/ML ENZYME DIALYZED AGAINST 50 MM AMMONIUM N-[TRIS(HYDROXYLMETHYL)METHYL]2-AMINOETHANE SULFONATE (PH 6.7 AT 25 DEG C) WITH 1 MM NAD+ AND 10 MM 4-METHY-BENZYL ALCOHOL AS THE CONCENTRATION OF 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL WAS RAISED TO 25 %. CRYSTAL WAS MOUNTED ON A FIBER LOOP AND FLASH VITRIFIED BY PLUNGING IT INTO LIQUID N2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→19.96 Å / Num. obs: 456390 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.53 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 45908 / Rrim(I) all: 0.643 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5vl0 解像度: 1.2→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.943 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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