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- PDB-7jso: P. syringae AldA Indole-3-Acetaldehyde Dehydrogenase C302A mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jso
タイトルP. syringae AldA Indole-3-Acetaldehyde Dehydrogenase C302A mutant in complex with NAD+ and IAA
要素Aldehyde dehydrogenase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / auxin (オーキシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


発酵 / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / organic substance metabolic process
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.848 Å
データ登録者Jez, J.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1614539 米国
National Science Foundation (NSF, United States)IOS-1645908 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1143954 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2020
タイトル: Investigating the reaction and substrate preference of indole-3-acetaldehyde dehydrogenase from the plant pathogen Pseudomonas syringae PtoDC3000.
著者: Zhang, K. / Lee, J.S. / Liu, R. / Chan, Z.T. / Dawson, T.J. / De Togni, E.S. / Edwards, C.T. / Eng, I.K. / Gao, A.R. / Goicouria, L.A. / Hall, E.M. / Hu, K.A. / Huang, K. / Kizhner, A. / ...著者: Zhang, K. / Lee, J.S. / Liu, R. / Chan, Z.T. / Dawson, T.J. / De Togni, E.S. / Edwards, C.T. / Eng, I.K. / Gao, A.R. / Goicouria, L.A. / Hall, E.M. / Hu, K.A. / Huang, K. / Kizhner, A. / Kodama, K.C. / Lin, A.Z. / Liu, J.Y. / Lu, A.Y. / Peng, O.W. / Ryu, E.P. / Shi, S. / Sorkin, M.L. / Walker, P.L. / Wang, G.J. / Xu, M.C. / Yang, R.S. / Cascella, B. / Cruz, W. / Holland, C.K. / McClerkin, S.A. / Kunkel, B.N. / Lee, S.G. / Jez, J.M.
履歴
登録2020年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family protein
B: Aldehyde dehydrogenase family protein
C: Aldehyde dehydrogenase family protein
D: Aldehyde dehydrogenase family protein
E: Aldehyde dehydrogenase family protein
F: Aldehyde dehydrogenase family protein
G: Aldehyde dehydrogenase family protein
H: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,70724
ポリマ－421,9828
非ポリマー6,72516
水0
1
A: Aldehyde dehydrogenase family protein
C: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase family protein
C: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,35412
ポリマ－210,9914
非ポリマー3,3638
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area23810 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area57970 Å2
手法PISA
2
B: Aldehyde dehydrogenase family protein
D: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子

B: Aldehyde dehydrogenase family protein
D: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,35412
ポリマ－210,9914
非ポリマー3,3638
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area23800 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area57940 Å2
手法PISA
3
E: Aldehyde dehydrogenase family protein
G: Aldehyde dehydrogenase family protein
H: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子

F: Aldehyde dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,35412
ポリマ－210,9914
非ポリマー3,3638
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_747-x+5/2,y-1/2,-z+21
Buried area23430 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area58110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)333.816, 161.095, 84.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase family protein


分子量: 52747.762 Da / 分子数: 8 / 変異: C302A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (strain ATCC BAA-871 / DC3000) (シュードモナス・シリンガエ)
株: ATCC BAA-871 / DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88BC5
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸 / インドール-3-酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / コメント: ホルモン*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% PEG-1000, 100 mM Tris-HCl (pH 7.0), 2 mM IAA, and 5 mM NAD+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.848→47.9 Å / Num. obs: 103830 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 22.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.848→2.92 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 5374 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IUW

5iuw


解像度: 2.848→47.888 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1998 1.94 %
Rwork0.2163 101195 -
obs0.217 103193 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.14 Å2 / Biso mean: 36.3547 Å2 / Biso min: 1.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.848→47.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29536 0 456 0 29992
Biso mean--64.74 --
残基数----3960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.848-2.9190.33971410.2768717298
2.919-2.99790.33041430.2815716297
2.9979-3.08610.30331410.2607721099
3.0861-3.18570.30161420.25877295100
3.1857-3.29950.2591410.2522728299
3.2995-3.43160.30781400.24497322100
3.4316-3.58770.29051450.22237272100
3.5877-3.77680.25271460.20827345100
3.7768-4.01330.21081460.1948726999
4.0133-4.3230.23191460.1837728599
4.323-4.75770.20011420.1629718798
4.7577-5.44530.25871420.18237340100
5.4453-6.85730.21481460.21227357100
6.8573-47.8880.17721370.1772669789
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 381.0329 Å / Origin y: 81.9742 Å / Origin z: 58.9785 Å
111213212223313233
T-0.3665 Å2-0.1202 Å20.1026 Å2--0.1214 Å20.0045 Å2--0.0401 Å2
L0.4801 °2-0.2049 °20.2418 °2--0.0057 °2-0.1248 °2--0.9329 °2
S-0.2518 Å °0.1344 Å °0.0255 Å °0.2495 Å °0.1161 Å °-0.1391 Å °-0.206 Å °0.0944 Å °0.0219 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 497
2X-RAY DIFFRACTION1allA700
3X-RAY DIFFRACTION1allA701
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7X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 497
8X-RAY DIFFRACTION1allC700
9X-RAY DIFFRACTION1allC701
10X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 497
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14X-RAY DIFFRACTION1allE700
15X-RAY DIFFRACTION1allE701
16X-RAY DIFFRACTION1allF3 - 497
17X-RAY DIFFRACTION1allF700
18X-RAY DIFFRACTION1allF701
19X-RAY DIFFRACTION1allG3 - 497
20X-RAY DIFFRACTION1allG700
21X-RAY DIFFRACTION1allG701
22X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 497
23X-RAY DIFFRACTION1allH700
24X-RAY DIFFRACTION1allH701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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