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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fio | |||||||||||||||
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タイトル | LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a synthetic monovalent galactosidic inhibitor | |||||||||||||||
要素 | PA-I galactophilic lectin | |||||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin (レクチン) / carbohydrates (炭水化物) / glycoconjugate (複合糖質) / glycomimetics / LecA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / ペリプラズム / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kuhaudomlarp, S. / Siebs, E. / da Silva Figueiredo Celestino Gomes, P. / Fortin, C. / Rognan, D. / Rademacher, C. / Imberty, A. / Titz, A. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022 タイトル: Targeting the Central Pocket of the Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA. 著者: Siebs, E. / Shanina, E. / Kuhaudomlarp, S. / da Silva Figueiredo Celestino Gomes, P. / Fortin, C. / Seeberger, P.H. / Rognan, D. / Rademacher, C. / Imberty, A. / Titz, A. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fio.cif.gz | 118.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fio.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1okoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: protein was produced as a recombinant protein in E. coli 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET25pal1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-4VH / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG6000, 1 M LiCl,100 mM sodium acetate pH 4.2, 5% DMSO containing 1 mM of compound 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→47.34 Å / Num. obs: 66700 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OKO 解像度: 1.5→47.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.728 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0815 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.41 Å2 / Biso mean: 19.663 Å2 / Biso min: 5.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→47.34 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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