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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f6p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of metal-citrate-binding mutant (D28A) protein (MctA) of ABC transporter endogenously bound to citrate | ||||||
要素 | Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Substrate-binding protein / metal ion (金属) / secondary transporter (能動輸送) / symporter (シンポート) | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / クエン酸 / 二酸化炭素 / 1,3-PROPANDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kanaujia, S.P. / Mandal, S.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg 2+ -citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily. 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg2+-citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f6p.cif.gz | 416 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f6p.ent.gz | 340.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f6p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 3 - 338 / Label seq-ID: 5 - 340
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 38139.402 Da / 分子数: 3 / 変異: D28A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (サーマス・サーモフィルス) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHB177 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53VZ2 |
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-非ポリマー , 6種, 462分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PDO / | #5: 化合物 | ChemComp-PGR / | #6: 化合物 | ChemComp-CO2 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 % / 解説: Monoclinic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年12月29日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→73.24 Å / Num. obs: 52451 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7F6E 解像度: 2.15→73.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.824 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.2817 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 191.22 Å2 / Biso mean: 52.468 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→73.24 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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