PDB-7eps: Partial Consensus L-threonine 3-dehydrogenase (E-change)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eps

タイトル

Partial Consensus L-threonine 3-dehydrogenase (E-change)

要素

L-threonine 3-dehydrogenase

L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

L-threonine 3-dehydrogenase (L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ) /

artificial protein

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE /

トレオニン

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Kozuka, K. / Nakano, S. / Asano, Y. / Ito, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Partial Consensus Design and Enhancement of Protein Function by Secondary-Structure-Guided Consensus Mutations.
著者: Kozuka, K. / Nakano, S. / Asano, Y. / Ito, S.

履歴

登録	2021年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eps.cif.gz	271 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eps.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7eps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7eps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eprC 3wmxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7eps-2 3wmx-1 3wmx-2 5z75-1 5upk-d 2wg3-2 3e66-d 3k1g-12 6bwl-1 3ajr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-threonine 3-dehydrogenase

B: L-threonine 3-dehydrogenase

C: L-threonine 3-dehydrogenase

D: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-threonine 3-dehydrogenase

B: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-threonine 3-dehydrogenase

D: L-threonine 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.108, 180.932, 141.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.007, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 6 - 315 / Label seq-ID: 26 - 335

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	A	A
2	2	1	B	B
3	3	2	A	A
4	4	2	C	C
5	5	3	A	A
6	6	3	D	D
7	7	4	B	B
8	8	4	C	C
9	9	5	B	B
10	10	5	D	D
11	11	6	C	C
12	12	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	L-threonine 3-dehydrogenase / L-トレオニン-3-デヒドロゲナーゼ分子量: 36819.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン / トレオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% [w/v] PEG 3350, 0.2M magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.4 Å / Num. obs: 878278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / R_merge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 18253 / CC_1/2: 0.895

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WMX

3wmx

解像度: 2.102→49.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 3.947 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	6302	5.021 %
R_work	0.2072	119215	-
all	0.209	-	-
obs	-	125517	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.362 Å²	-0 Å²	0.103 Å²
2-	-	-0.899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.463 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.102→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9460	0	256	574	10290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.651	13593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.572	21355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.012	5	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.557	22.288	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.502	15	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.767	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	8724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	4917
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4632
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.541	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.439	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.959	3.159	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.959	3.159	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.966	4.722	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.966	4.722	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.491	3.488	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.492	3.488	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.096	5.084	7448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.096	5.084	7449
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.824	37.747	11338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.828	37.751	11339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	10014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.052	0.05	10354
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.075	0.05	9980
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.079	0.05	9974
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.059	0.05	10136
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.081	0.05	9945

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07389	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07389	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05185	0.0501
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05185	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07539	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07539	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07911	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07911	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05886	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05886	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08062	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08062	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.102-2.157	0.289	525	0.258	8664	X-RAY DIFFRACTION	99.599
2.157-2.216	0.265	409	0.236	8651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.216-2.28	0.273	439	0.231	8362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.241	418	0.215	8081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.427	0.249	407	0.208	7850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.512	0.252	422	0.208	7617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.512-2.607	0.24	375	0.202	7301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.713	0.237	405	0.197	7092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.834	0.222	325	0.195	6780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.834-2.972	0.217	355	0.219	6477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.133	0.262	353	0.231	6125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.133-3.323	0.285	277	0.235	5872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.323-3.552	0.248	301	0.233	5468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.552-3.837	0.244	240	0.205	5130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.837-4.202	0.199	244	0.172	4683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.202-4.698	0.175	241	0.153	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
4.698-5.424	0.169	202	0.165	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
5.424-6.64	0.206	141	0.216	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
6.64-9.38	0.259	129	0.211	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
9.38-49.4	0.284	94	0.254	1359	X-RAY DIFFRACTION	99.3165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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