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- PDB-7ehi: Crystal structure of covalent maltosyl-alpha-glucosidase intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ehi
タイトルCrystal structure of covalent maltosyl-alpha-glucosidase intermediate
要素alpha glucosidaseAlpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / maltooligosaccharides / carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / CARBOHYDRATE (炭水化物)
機能・相同性alpha-maltose
機能・相同性情報
生物種Weissella cibaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Krusong, K. / Wangpaiboon, K. / Kim, S. / Mori, T. / Hakoshima, T.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Other government タイ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: A GH13 alpha-glucosidase from Weissella cibaria uncommonly acts on short-chain maltooligosaccharides.
著者: Wangpaiboon, K. / Laohawuttichai, P. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Nakapong, S. / Pichyangkura, R. / Pongsawasdi, P. / Hakoshima, T. / Krusong, K.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,02814
ポリマ－68,3991
非ポリマー1,62913
水11,512639
1
A: alpha glucosidase
ヘテロ分子

A: alpha glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,05628
ポリマ－136,7972
非ポリマー3,25926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
Buried area9150 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area43140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.566, 116.566, 107.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

SO4

21A-1158-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 alpha glucosidase / Alpha-glucosidase


分子量: 68398.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella cibaria (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: alpha-glucosidase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 651分子

#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS MG_256496 FOR THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulfate, dioxane, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 82931 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13.61 Å2 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 38.67
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / Num. unique obs: 8063 / Rpim(I) all: 0.313

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.069精密化
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D9B

7d9b


解像度: 1.69→34.86 Å / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.7608
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1767 4104 5 %
Rwork0.1509 77971 -
obs0.1522 82075 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→34.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4811 0 94 639 5544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0145236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30637166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0872759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3707729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.710.23871440.19632328X-RAY DIFFRACTION87.82
1.71-1.730.22281440.18022576X-RAY DIFFRACTION96.56
1.73-1.750.18741540.1762585X-RAY DIFFRACTION97.51
1.75-1.780.22461470.16482607X-RAY DIFFRACTION98.32
1.78-1.80.19111380.15752645X-RAY DIFFRACTION98.51
1.8-1.830.21531370.15942660X-RAY DIFFRACTION99.36
1.83-1.850.19331480.15542681X-RAY DIFFRACTION99.72
1.85-1.880.20691230.15012688X-RAY DIFFRACTION99.89
1.88-1.910.15611300.15352679X-RAY DIFFRACTION99.96
1.91-1.950.20881430.15162705X-RAY DIFFRACTION99.96
1.95-1.980.20071350.15382688X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.20691570.15852661X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.18531480.15262677X-RAY DIFFRACTION99.96
2.06-2.110.20081330.1472699X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.150.1941270.15032715X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.210.17491320.15512682X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.270.20381350.14782714X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.18941350.152716X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.410.18641460.14962693X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.50.17931340.15422717X-RAY DIFFRACTION99.86
2.5-2.60.19611370.16072726X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.710.1861670.1592679X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.860.18631560.15932711X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.040.17271600.16242711X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.270.19121810.15722695X-RAY DIFFRACTION99.83
3.27-3.60.13691390.13972774X-RAY DIFFRACTION99.76
3.6-4.120.11051290.12272781X-RAY DIFFRACTION99.73
4.12-5.190.14171040.12262851X-RAY DIFFRACTION99.73
5.19-34.860.16281410.17162927X-RAY DIFFRACTION98.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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