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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ea5 | ||||||||||||
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タイトル | Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Set2 / nucleosome (ヌクレオソーム) / H3K36M mutation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 methyltransferase activity / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 染色体 / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Jing, H. / Liu, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of SETD2/Set2 methyltransferase bound to a nucleosome containing oncohistone mutations. 著者: Yingying Liu / Yanjun Zhang / Han Xue / Mi Cao / Guohui Bai / Zongkai Mu / Yanli Yao / Shuyang Sun / Dong Fang / Jing Huang / 要旨: Substitution of lysine 36 with methionine in histone H3.3 (H3.3K36M) is an oncogenic mutation that inhibits SETD2-mediated histone H3K36 tri-methylation in tumors. To investigate how the oncohistone ...Substitution of lysine 36 with methionine in histone H3.3 (H3.3K36M) is an oncogenic mutation that inhibits SETD2-mediated histone H3K36 tri-methylation in tumors. To investigate how the oncohistone mutation affects the function of SETD2 at the nucleosome level, we determined the cryo-EM structure of human SETD2 associated with an H3.3K36M nucleosome and cofactor S-adenosylmethionine (SAM), and revealed that SETD2 is attached to the N-terminal region of histone H3 and the nucleosome DNA at superhelix location 1, accompanied with the partial unwrapping of nucleosome DNA to expose the SETD2-binding site. These structural features were also observed in the previous cryo-EM structure of the fungal Set2-nucleosome complex. By contrast with the stable association of SETD2 with the H3.3K36M nucleosome, the EM densities of SETD2 could not be observed on the wild-type nucleosome surface, suggesting that the association of SETD2 with wild-type nucleosome might be transient. The linker histone H1, which stabilizes the wrapping of nucleosome DNA at the entry/exit sites, exhibits an inhibitory effect on the activities of SETD2 and displays inversely correlated genome distributions with that of the H3K36me3 marks. Cryo-EM analysis of yeast H3K36 methyltransferase Set2 complexed with nucleosomes further revealed evolutionarily conserved structural features for nucleosome recognition in eukaryotes, and provides insights into the mechanism of activity regulation. These findings have advanced our understanding of the structural basis for the tumorigenesis mechanism of the H3.3K36M mutation and highlight the effect of nucleosome conformation on the regulation of histone modification. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ea5.cif.gz | 319.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ea5.ent.gz | 245.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ea5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/7ea5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK
#1: タンパク質 | 分子量: 11847.916 Da / 分子数: 2 / 変異: K37M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 #2: タンパク質 | 分子量: 8853.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: H4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: タンパク質 | 分子量: 11494.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: h2ac14.L, h2ac14, hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 10406.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18032685mg / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8FQA5 #7: タンパク質 | | 分子量: 26699.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SCNYR20_0009003900, SCP684_0009003900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6V8RR65, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44521.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44992.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-SAM / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The Set2-nucleosome(H3K36M)complex structure / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 1.5625 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225474 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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