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- PDB-7da2: The crystal structure of the chicken FANCM-MHF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da2
タイトルThe crystal structure of the chicken FANCM-MHF complex
要素
  • Centromere protein Sセントロメア
  • Centromere protein Xセントロメア
  • Fanconi anemia group M protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Histone fold / DNA Binding (デオキシリボ核酸) / DNA (デオキシリボ核酸) / DNA repair (DNA修復) / Fanconi Anemia (ファンコーニ貧血) / Nucleus (Nucleus) / Hef ortholog
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex ...double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / four-way junction helicase activity / nuclease activity / kinetochore assembly / replication fork reversal / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / 動原体 / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / DNA修復 / chromatin binding / DNA binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM to MHF binding domain / Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain ...Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM to MHF binding domain / Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / RuvA domain 2-like / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Restriction endonuclease type II-like / Helicase conserved C-terminal domain / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia group M protein / Centromere protein S / Centromere protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Nishino, T. / Ito, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07279 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06512 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the chicken FANCM-MHF complex and its stability.
著者: Ito, S. / Nishino, T.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere protein S
C: Centromere protein S
B: Centromere protein X
D: Centromere protein X
E: Fanconi anemia group M protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0795
ポリマ－60,0795
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21230 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.249, 78.469, 87.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Centromere protein S / セントロメア / CENP-S


分子量: 11875.330 Da / 分子数: 2 / 変異: A29C, A31C, A58C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPS, APITD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BSW7
#2: タンパク質 Centromere protein X / セントロメア / CENP-X


分子量: 9361.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPX, STRA13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DJH7
#3: タンパク質 Fanconi anemia group M protein / Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa ...Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa / FAAP250 / Protein Hef ortholog


分子量: 17604.803 Da / 分子数: 1 / 変異: A29C, A31C, A58C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FANCM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1D5PRR9, ヘリカーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5, 0.1 M Carboxylic acids mix, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→45.17 Å / Num. obs: 12641 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 54.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 4.32 / Num. unique obs: 1232 / Rrim(I) all: 0.873

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.18.2_3874data processing
PHENIX1.18.2_3874精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3b0b

3b0b


解像度: 2.79→45.17 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9473
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 633 5.01 %
Rwork0.216 12008 -
obs0.2183 12641 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3811 0 0 47 3858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52735201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0366585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9741483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-30.33051230.27332355X-RAY DIFFRACTION99.56
3-3.310.29351260.2532379X-RAY DIFFRACTION99.96
3.31-3.780.25791270.20962406X-RAY DIFFRACTION99.92
3.78-4.770.24421260.19092392X-RAY DIFFRACTION99.57
4.77-100.24891310.21162476X-RAY DIFFRACTION97.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.392.9134.23322.55113.02547.43770.2597-0.4867-0.80650.15150.4268-0.0223-1.25-0.1357-0.74220.4222-0.04160.02980.32210.06630.41284.09556.77324.5466
21.35431.62591.19521.92240.93170.92130.57691.706-0.7281-0.24310.1313-0.1410.785-0.5502-0.3930.7412-0.1746-0.10450.96450.00870.8028-12.7681-33.67741.99
38.14511.4468-0.6595.0432-1.7391.92330.53-1.1182-1.08741.15190.04720.28070.0038-1.3878-0.33510.7287-0.0352-0.0130.68540.16320.446-9.273-22.466617.3153
40.8831-2.49291.74754.4513-3.83032.53090.7550.3056-0.44510.27720.46682.5910.1538-0.6864-0.54550.5344-0.03630.01490.79580.08271.0548-9.78273.2535.0611
53.9065-0.03320.32845.0871-1.75243.68330.2847-0.1989-0.05770.5663-0.41760.1729-0.0277-0.1275-0.12420.3899-0.1149-0.01170.53740.04170.29959.1508-0.97657.0237
64.25680.87-3.47624.9575-1.21252.7976-0.0851-0.57340.46351.0929-0.198-1.0462-1.21370.87930.2580.8182-0.09930.06340.5854-0.13290.720219.195821.0101-3.5585
79.4965-3.3631-2.90084.4597-0.57141.7253-1.24741.0505-0.8712-0.552-1.24950.4605-0.3585-2.2836-0.77020.31840.2949-0.06380.46250.05240.45715.932529.2651-2.5634
84.31350.18692.16291.96710.25064.5629-0.00810.0861-0.2122-0.1037-0.12120.26730.0105-0.2760.09640.2746-0.03660.03090.3945-0.01480.3496-5.9235-14.60121.5361
92.43541.52291.39919.79-0.45826.57820.09840.8969-0.253-0.2874-0.5965-1.7036-1.62071.17510.03760.4974-0.1063-0.05460.72950.10620.61572.5371-10.8047-13.5661
100.1305-0.84070.87125.0333-5.42695.88262.77671.8574-0.6666-1.7593-1.05780.51441.91230.9091-1.42010.94390.2286-0.23342.2079-0.66012.24318.2203-19.2144-12.6702
119.6561-0.2064-1.30615.65072.18184.81840.1088-0.21240.72690.29860.0543-0.1307-0.9879-0.0615-0.26740.52760.09850.01750.32150.03650.4059.644520.2236-4.1882
127.36476.07684.16298.80534.37134.5925-0.26650.777-0.3246-0.31780.9586-0.5828-0.10760.5772-0.40190.3968-0.00460.03430.47360.02440.24268.18996.5427-8.9854
135.91350.70440.6186.26962.57936.149-0.71550.41531.1155-0.3330.29650.98980.0155-0.58750.18870.3654-0.0876-0.07980.73310.13040.53-6.55075.0378-15.0905
144.9936-4.49981.97625.9388-5.58688.70920.75660.76680.1183-0.6984-0.7841-0.25160.5101-0.3691-0.12340.494-0.2309-0.0310.597-0.00140.4831-10.5041-19.8175-3.4914
157.7042.75941.6013.07653.47116.8681-0.95332.30411.80760.23360.84671.09690.2914-1.0263-0.23750.5559-0.1786-0.01330.87910.15620.6415-14.5697-12.3963-13.2432
165.92941.14272.48194.0028-0.57016.8201-0.02550.07420.00620.0325-0.35220.04080.49630.64630.04720.23590.02850.05340.414-0.00490.36646.5022-17.25465.1281
178.39170.3671-4.55113.5845-2.21734.0631-0.3874-0.48810.1580.14820.2813-0.17060.4381-0.66740.02220.2940.03170.06940.3554-0.02630.23666.6869-7.16857.1402
184.9555-5.3787-5.89115.46316.17676.94351.38041.67430.9506-0.8262-1.101-1.0988-0.8852-1.351-0.14280.4857-0.00390.12390.61870.24570.62258.487514.5324-17.3927
192.67290.5121-1.06198.62-0.59154.2092-0.31641.5392-0.7739-1.3897-0.8169-0.37450.2459-0.60040.02980.79590.06530.0171.04960.01070.4128.48153.7371-24.3354
204.82541.7841-2.3683.79321.75376.58050.6874-0.1570.18350.33760.42740.5553-0.7399-0.10230.31970.51050.15880.13030.49470.06760.45180.348915.04760.4903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 67 through 82 )D67 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 673 through 686 )E673 - 686
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 687 through 706 )E687 - 706
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 707 through 725 )E707 - 725
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 726 through 773 )E726 - 773
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 774 through 793 )E774 - 793
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 794 through 804 )E794 - 804
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 7 through 78 )A7 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 79 through 89 )A79 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 90 through 102 )A90 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 12 through 43 )C12 - 43
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 44 through 71 )C44 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 72 through 103 )C72 - 103
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 8 through 22 )B8 - 22
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 23 through 31 )B23 - 31
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 32 through 66 )B32 - 66
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 67 through 82 )B67 - 82
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 9 through 22 )D9 - 22
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 23 through 31 )D23 - 31
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 32 through 66 )D32 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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