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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7da0 | |||||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of the chicken MHF complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / histone fold / DNA binding (デオキシリボ核酸) / DNA repair (DNA修復) / nucleus (細胞核) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex ...Mitotic Prometaphase / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / kinetochore assembly / replication fork processing / 動原体 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / DNA修復 / chromatin binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Ito, S. / Nishino, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021 タイトル: Structural analysis of the chicken FANCM-MHF complex and its stability. 著者: Ito, S. / Nishino, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7da0.cif.gz | 104.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7da0.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7da0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7da0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/7da0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11875.330 Da / 分子数: 1 / 変異: C26A, C28A, C55A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPS, APITD1 / プラスミド: pRSFDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BSW7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9361.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPX, STRA13 / プラスミド: pRSFDUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DJH7 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-Bicine pH 8.5, 0.1 M Carboxylic acids mix, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→34.01 Å / Num. obs: 43638 / % possible obs: 96.74 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0056 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 36.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.295 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 4340 / Rpim(I) all: 0.52 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 96.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3B0B 解像度: 1.25→34.01 Å / SU ML: 0.1362 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8617 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→34.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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