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万見
- PDB-7cvk: Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cvk
タイトルCrystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial synchrotron crystallography (100 ms)
要素Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / room temperature structure / serial crystallography / serial synchrotron crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / キシロースイソメラーゼ / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
キシロースイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nam, K.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2020
タイトル: Fixed-Target Serial Synchrotron Crystallography Using Nylon Mesh and Enclosed Film-Based Sample Holder
著者: Park, S.Y. / Choi, H. / Eo, C. / Cho, Y. / Nam, K.H.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3323
ポリマ－43,2831
非ポリマー492
水6,485360
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,32812
ポリマ－173,1334
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area31080 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area47690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.440, 100.240, 103.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-542-

HOH

21A-790-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase / キシロースイソメラーゼ


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, キシロースイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→72.46 Å / Num. obs: 54250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 241.2 % / CC1/2: 0.9249 / CC star: 0.9802 / Net I/σ(I): 3.36
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 5361 / CC1/2: 0.6616 / CC star: 0.8924
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample dehydration prevention: Polyimide films / Sample holding: Nylon-mesh

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y4I

5y4i


解像度: 1.7→72.01 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1992 3.67 %
Rwork0.1808 52254 -
obs0.1815 54246 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.21 Å2 / Biso mean: 19.7839 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→72.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 2 360 3395
Biso mean--15.69 31.92 -
残基数----385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.740.33281370.267636643801
1.74-1.790.2581410.248737323873
1.79-1.840.27771440.222536683812
1.84-1.90.26971390.220136833822
1.9-1.970.21681450.205237033848
1.97-2.050.22731400.202637303870
2.05-2.140.22871320.186936943826
2.14-2.250.19841500.172237133863
2.25-2.40.18251430.177237203863
2.4-2.580.20881440.174737133857
2.58-2.840.20931380.179637533891
2.84-3.250.18211460.179637563902
3.25-4.10.15111420.15138033945
4.1-72.010.16971510.159539224073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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