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- PDB-7cmd: Crystal structure of the SARS-CoV-2 PLpro with GRL0617 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7cmd
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 PLpro with GRL0617
要素Non-structural protein 3
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / papain like protein / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endosome / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / 5'-3' RNA helicase activity / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / modulation by virus of host autophagy ...Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endosome / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / 5'-3' RNA helicase activity / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / modulation by virus of host autophagy / mRNA methylation / double membrane vesicle viral factory outer membrane / suppression by virus of host translation / ISG15-specific protease activity / host cell Golgi apparatus / Replication of the SARS-CoV-2 genome / suppression by virus of host type I interferon production / host cell endoplasmic reticulum / 3C様プロテアーゼ / induction by virus of catabolism of host mRNA / cytoplasmic viral factory / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-exoribonuclease activity / G-quadruplex RNA binding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / suppression by virus of host ISG15-protein conjugation / protein K48-linked deubiquitination / suppression by virus of host toll-like receptor signaling pathway / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / transcription, RNA-templated / suppression by virus of host NF-kappaB cascade / viral transcription / modulation by virus of host protein ubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / methyltransferase cap1 / positive stranded viral RNA replication / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / viral genome replication / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / suppression by virus of host TRAF activity / helicase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / thiol-dependent deubiquitinase / DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / endonuclease activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / transcription, DNA-templated / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / : / protein homodimerization activity / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP1 superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus SUD-C domain / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / NendoU domain, nidovirus / Endoribonuclease EndoU-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Non-structural protein NSP1, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Replicase polyprotein, nucleic acid-binding domain superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Lipocalin signature. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus papain-like peptidase / Non-structural protein NSP8, coronavirus-like / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TTT / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S.
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / : 2021
タイトル: Crystal structure of SARS-CoV-2 papain-like protease.
著者: Gao, X. / Qin, B. / Chen, P. / Zhu, K. / Hou, P. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Cui, S.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42021年3月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: Non-structural protein 3
C: Non-structural protein 3
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,96617
ポリマ-144,1604
非ポリマー1,80613
3,639202
1
A: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4754
ポリマ-36,0401
非ポリマー4353
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
2
B: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6066
ポリマ-36,0401
非ポリマー5665
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
3
C: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4103
ポリマ-36,0401
非ポリマー3702
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
4
D: Non-structural protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4754
ポリマ-36,0401
非ポリマー4353
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)60.467, 123.510, 146.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Non-structural protein 3 / pp1ab / ORF1ab polyprotein / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like protease / Papain-like proteinase / PL- ...pp1ab / ORF1ab polyprotein / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like protease / Papain-like proteinase / PL-PRO / Replicase polyprotein 1ab


分子量: 36039.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs.
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTD1, EC: 3.4.19.121, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-TTT / 5-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]benzamide / GRL-0617


分子量: 304.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C20H20N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.24M ammonium acetate,0.1M sodium citrate pH5.6,24% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→94.51 Å / Num. obs: 131039 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Net I/σ(I): 3.24
反射 シェル解像度: 2.59→2.75 Å / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 21011 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6wrh
解像度: 2.59→94.51 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 6622 5.06 %
Rwork0.2437 124127 -
obs0.2464 130749 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 415.17 Å2 / Biso mean: 54.7974 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→94.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9788 0 180 202 10170
Biso mean--45.12 41.61 -
残基数----1229
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.59-2.620.4382150.38613918413393
2.62-2.650.37652320.37374060429299
2.65-2.680.42141830.36044173435699
2.68-2.720.39412160.34584131434799
2.72-2.750.41732460.34074193443999
2.75-2.790.3581900.32564131432199
2.79-2.830.36072310.3164123435499
2.83-2.870.30462680.29934223449199
2.87-2.920.37752090.3064073428299
2.92-2.970.31782270.29454134436199
2.97-3.020.31222080.28884167437599
3.02-3.070.29572320.278841214353100
3.07-3.130.3322530.2774131438499
3.13-3.190.31732050.26174261446699
3.19-3.260.32082080.253341314339100
3.26-3.340.30552400.24144169440999
3.34-3.420.29012220.23940994321100
3.42-3.520.27312520.212541374389100
3.52-3.620.28411910.2184168435999
3.62-3.740.32712110.21884172438399
3.74-3.870.27991780.21454189436799
3.87-4.020.19991660.198342544420100
4.02-4.210.20852190.194841314350100
4.21-4.430.26831880.196942164404100
4.43-4.710.27172720.2034083435599
4.71-5.070.25812150.19994179439499
5.07-5.580.30272750.221840854360100
5.58-6.390.3161840.240441794363100
6.39-8.050.28962490.24284134438399
8.05-94.510.28432370.23573962419995

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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