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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cjm | ||||||
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タイトル | SARS CoV-2 PLpro in complex with GRL0617 | ||||||
要素 | Non-structural protein 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Plpro-C111S / GRL0617 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, Z. / Huang, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: The complex structure of GRL0617 and SARS-CoV-2 PLpro reveals a hot spot for antiviral drug discovery. 著者: Fu, Z. / Huang, B. / Tang, J. / Liu, S. / Liu, M. / Ye, Y. / Liu, Z. / Xiong, Y. / Zhu, W. / Cao, D. / Li, J. / Niu, X. / Zhou, H. / Zhao, Y.J. / Zhang, G. / Huang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cjm.cif.gz | 79.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cjm.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cjm_validation.pdf.gz | 747.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cjm_full_validation.pdf.gz | 751.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7cjm_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cjm_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wrhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35726.512 Da / 分子数: 1 / 変異: C1674S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTD1, EC: 3.4.19.121, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-TTT / | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.7 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M Tris pH 7.5, 0.005M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.005M Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.005M Magnesium chloride hexahydrate, 0.005M Nickel(II) chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→22.3 Å / Num. obs: 11963 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 38.89 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1902 / Rrim(I) all: 0.2072 / Rsym value: 0.08124 / Net I/σ(I): 12.92 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.314 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4874 / Mean I/σ(I) obs: 4.27 / Num. unique obs: 1180 / CC1/2: 0.931 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.2032 / Rrim(I) all: 0.5288 / % possible all: 99.83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WRH 解像度: 3.2→22.3 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.27 Å2 / Biso mean: 40.9094 Å2 / Biso min: 1.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→22.3 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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