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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cdr | |||||||||
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タイトル | Lysozyme room-temperature structure determined by SS-ROX combined with HAG method, 210 kGy (3000 images) | |||||||||
要素 | Lysozyme C | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Chicken egg white / antimicrobial enzyme / N-acetylmuramide glycanhydrolase (リゾチーム) / lysozyme-like fold | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hasegawa, K. / Baba, S. / Kawamura, T. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021 タイトル: Evaluation of the data-collection strategy for room-temperature micro-crystallography studied by serial synchrotron rotation crystallography combined with the humid air and glue-coating method. 著者: Hasegawa, K. / Baba, S. / Kawamura, T. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cdr.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cdr.ent.gz | 26.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/7cdr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: The lysozyme solution (40 mg/ml) in 10 mM Na-acetate, pH 4.6 was mixed with the same volume of 4 M Na-Malonate pH 3.1, 6% w/v PEG6000 and stirred for 20 minutes. The crystal growth was ...詳細: The lysozyme solution (40 mg/ml) in 10 mM Na-acetate, pH 4.6 was mixed with the same volume of 4 M Na-Malonate pH 3.1, 6% w/v PEG6000 and stirred for 20 minutes. The crystal growth was stopped by adding 2.4 M Na-Malonate pH 3.1, 3.6 % w/v PEG6000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→55.42 Å / Num. obs: 11698 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 182.7 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / CC1/2: 0.9711 / Net I/σ(I): 5.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 579 / CC1/2: 0.6723 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4eta 解像度: 1.8→55.42 Å / SU ML: 0.1715 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8367 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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