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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c0f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a dinucleotide-binding protein of ABC transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (Form I) | ||||||
要素 | Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / c-di-GMP/AMP / Substrate-binding protein / Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / tRNA synthesis and/or modification / Venus Fly-trap mechanism / UgpB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into the novel dinucleotide-binding protein of ABC transporter unveils its moonlighting function. 著者: Chandravanshi, M. / Samanta, R. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c0f.cif.gz | 328.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c0f.ent.gz | 264.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7c0kC 7c0lC 7c0oC 7c0rC 7c0sC 7c0tC 7c0uC 7c0vC 7c0wC 7c0xC 7c0yC 7c0zC 7c14C 7c15C 7c16C 7c19C 7c1bC 4mfiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 395 / Label seq-ID: 3 - 397
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44504.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: TTHA0379 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5SLB4 |
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-非ポリマー , 13種, 450分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO2 / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / #8: 化合物 | ChemComp-PDO / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-1PE / | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-PGO / | #13: 化合物 | ChemComp-PGR / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % / 解説: Monoclinic |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium phosphate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年3月23日 / 詳細: VariMax HF | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.15→66.06 Å / Num. obs: 48571 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 6.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3803 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.41 / Rrim(I) all: 0.594 / % possible all: 95.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MFI 解像度: 2.15→66.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.219 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.0441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.037 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.29 Å2 / Biso mean: 23.322 Å2 / Biso min: 8.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→66.06 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 12459 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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