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万見
- PDB-7bn9: Crystal Structure of Bacillus subtilis Penicillin Binding Protein 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bn9
タイトルCrystal Structure of Bacillus subtilis Penicillin Binding Protein 3
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Transpeptidase / penicillin-binding protein (ペニシリン結合タンパク質) / low-affinity / peptidoglycan (ペプチドグリカン)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / plasma membrane => GO:0005886 / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Rao, V.A. / Lewis, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002679/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cooperation between peptidoglycan transpeptidases and SEDS proteins in Bacillus subtilis cell division
著者: Sassine, J. / Rao, V.A. / Goldsmith, G. / Breukink, E. / Lewis, R.J. / Daniel, R.A. / Vollmer, W.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
B: Penicillin-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0412
ポリマ－148,0412
非ポリマー00
水1,76598
1
A: Penicillin-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0201
ポリマ－74,0201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0201
ポリマ－74,0201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.624, 108.684, 238.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3 / PBP 3 / PSPB20 / Penicillin-binding protein C


分子量: 74020.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: pbpC, ycsM, yzsA, BSU04140
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P42971, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 20 % (w/v) PEG 6000, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→49.46 Å / Num. obs: 42319 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 59.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.65→9.92 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4375 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VQQ, 3EQU

1vqq

3equ


解像度: 2.65→49.46 Å / SU ML: 0.3984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9362
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 2165 5.12 %
Rwork0.213 40154 -
obs0.2159 42319 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9181 0 0 98 9279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.696412670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04791414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8781270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.710.37731230.30682651X-RAY DIFFRACTION99.96
2.71-2.780.35951330.27872619X-RAY DIFFRACTION99.96
2.78-2.850.3261430.2772650X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.940.37681320.27452612X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.030.36251310.26692692X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.140.36551470.26562598X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.270.3171460.26762666X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.420.30441470.23832672X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.60.31171520.23012639X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.820.26111420.21062651X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.120.25331420.1872674X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.530.21641580.16772714X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.190.21791530.17462682X-RAY DIFFRACTION100
5.19-6.530.2481610.21182730X-RAY DIFFRACTION100
6.53-49.460.23431550.19052904X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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