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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bbc | ||||||
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タイトル | Joint X-ray/neutron room temperature structure of perdeuterated PLL lectin in complex with perdeuterated L-fucose | ||||||
要素 | PLL lectin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / propeller (スクリュープロペラ) | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photorhabdus laumondii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions. 著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bbc.cif.gz | 209.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bbc.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bbc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii (バクテリア) 遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5 | ||||||
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#2: 糖 | #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Na/K tartrate dissolved in D2O, soaked with 50 mM perdeuterated fucose-d12 dissolved in D2O |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Biso Wilson estimate: 19.08 Å2 / Entry-ID: 7BBC
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反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Biso mean: 34.65 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / SU ML: 0.1415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 12.7897 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5c9o / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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