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- PDB-7bal: Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease treated with ebsele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bal
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 main protease treated with ebselen derivative of MR6-31-2
要素Main Protease
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / main protease / COVID19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / ebselen
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endosome / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / 5'-3' RNA helicase activity / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / modulation by virus of host autophagy ...Maturation of replicase proteins / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endosome / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / 5'-3' RNA helicase activity / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / modulation by virus of host autophagy / mRNA methylation / double membrane vesicle viral factory outer membrane / suppression by virus of host translation / ISG15-specific protease activity / host cell Golgi apparatus / Replication of the SARS-CoV-2 genome / suppression by virus of host type I interferon production / host cell endoplasmic reticulum / 3C様プロテアーゼ / induction by virus of catabolism of host mRNA / cytoplasmic viral factory / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-exoribonuclease activity / G-quadruplex RNA binding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / suppression by virus of host ISG15-protein conjugation / protein K48-linked deubiquitination / suppression by virus of host toll-like receptor signaling pathway / suppression by virus of host viral-induced cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / transcription, RNA-templated / suppression by virus of host NF-kappaB cascade / viral transcription / modulation by virus of host protein ubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / methyltransferase cap1 / positive stranded viral RNA replication / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / viral genome replication / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / suppression by virus of host TRAF activity / helicase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / ヘリカーゼ / thiol-dependent deubiquitinase / DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / endonuclease activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / transcription, DNA-templated / host cell cytoplasm / protein dimerization activity / : / protein homodimerization activity / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP1 superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus SUD-C domain / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / NendoU domain, nidovirus / Endoribonuclease EndoU-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Non-structural protein NSP1, betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Replicase polyprotein, nucleic acid-binding domain superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Lipocalin signature. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus papain-like peptidase / Non-structural protein NSP8, coronavirus-like / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
SELENIUM ATOM / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Amporndanai, K. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Inhibition mechanism of SARS-CoV-2 main protease by ebselen and its derivatives.
著者: Amporndanai, K. / Meng, X. / Shang, W. / Jin, Z. / Rogers, M. / Zhao, Y. / Rao, Z. / Liu, Z.J. / Yang, H. / Zhang, L. / O'Neill, P.M. / Samar Hasnain, S.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Main Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9052
ポリマ-33,8261
非ポリマー791
2,504139
1
A: Main Protease
ヘテロ分子

A: Main Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8094
ポリマ-67,6512
非ポリマー1582
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2800 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)114.004, 53.622, 44.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.892, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-564-

HOH

21A-593-

HOH

31A-596-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Main Protease / pp1ab / ORF1ab polyprotein


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 3C様プロテアーゼ, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 3C様プロテアーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SE / SELENIUM ATOM / ヒドリドセレン / セレン


分子量: 78.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM ammonium chloride, 5%glycerol and 20% polyethylene glycol mw. 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.867 Å / Num. obs: 22635 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.079 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1364 / CC1/2: 0.446 / Rpim(I) all: 0.971 / Rrim(I) all: 1.456 / Χ2: 0.69 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6y2e
解像度: 1.85→33.867 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.076 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1159 5.123 %
Rwork0.2239 21465 -
all0.225 --
obs-22624 99.81 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 36.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.401 Å20 Å20.48 Å2
2---0.621 Å20 Å2
3----1.829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2307 0 1 139 2447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.633256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7695307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35823.504117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11515381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9831510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4260.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2490.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2883.431219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3145.1311529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0843.7361173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7215.4691727
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.58465.33810275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8980.384950.3681544X-RAY DIFFRACTION99.8173
1.898-1.950.365680.3161528X-RAY DIFFRACTION99.6255
1.95-2.0060.421860.3281516X-RAY DIFFRACTION99.8131
2.006-2.0680.301680.3181459X-RAY DIFFRACTION99.9346
2.068-2.1360.33790.2941403X-RAY DIFFRACTION99.6637
2.136-2.2110.305850.2771347X-RAY DIFFRACTION99.7215
2.211-2.2940.286670.2811320X-RAY DIFFRACTION99.7842
2.294-2.3880.307680.2691261X-RAY DIFFRACTION99.9248
2.388-2.4930.286540.2551243X-RAY DIFFRACTION99.6925
2.493-2.6150.333670.281174X-RAY DIFFRACTION100
2.615-2.7560.382650.2561093X-RAY DIFFRACTION99.9137
2.756-2.9230.224660.2371032X-RAY DIFFRACTION100
2.923-3.1240.238420.2141008X-RAY DIFFRACTION100
3.124-3.3730.257440.202928X-RAY DIFFRACTION100
3.373-3.6940.206480.196862X-RAY DIFFRACTION100
3.694-4.1280.205390.173769X-RAY DIFFRACTION99.7531
4.128-4.7620.184500.151665X-RAY DIFFRACTION99.4437
4.762-5.8220.145290.172592X-RAY DIFFRACTION100
5.822-8.1890.238220.191458X-RAY DIFFRACTION100
8.189-33.8670.144170.144263X-RAY DIFFRACTION97.9021

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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