PDB-7b7f: Room temperature X-ray structure of H/D-exchanged PLL lectin in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b7f

タイトル

Room temperature X-ray structure of H/D-exchanged PLL lectin in complex with L-fucose

要素

PLL lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

Complex /

propeller (スクリュープロペラ)

機能・相同性

Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions.
著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.

履歴

登録	2020年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b7f.cif.gz	123.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b7f.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b7cC 7b7eC 7bb4C 7bbcC 7bbiC 5c9oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bb4-1 5c9l-1 5c9p-1 7bbi-1 7b7e-1 7bbc-1 5c9o-1 4dnv-d 7dh6-d 6amo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PLL lectin

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

A: PLL lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.600, 89.240, 159.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-775- HOH
2	1	A-1103- HOH

#1: タンパク質

PLL lectin

分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii (バクテリア)
遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5

#2: 糖

ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス /

フコース

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス /

フコース

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.4 M Na/K tartrate dissolved in D2O, soaked with 50 mM L-fucose dissolved in D2O

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→46 Å / Num. obs: 67576 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / Num. unique obs: 4953 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16-3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5c9o

5c9o

解像度: 1.6→39.82 Å / SU ML: 0.2352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.2839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1728	3378	5 %
R_work	0.1499	64187	-
obs	0.151	67565	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2750	0	88	406	3244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	3188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8157	4419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0604	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.1762	3327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.5118	139	0.4627	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.62-1.65	0.4181	140	0.3882	2648	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.65-1.67	0.3592	138	0.3445	2635	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.67-1.7	0.2398	140	0.2817	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.7-1.73	0.2759	141	0.2256	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.73-1.76	0.2184	139	0.1922	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.76-1.79	0.1814	142	0.1715	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.79-1.83	0.1999	139	0.1673	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.83-1.87	0.2261	140	0.1637	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.87-1.91	0.1846	142	0.1667	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.91-1.96	0.1957	141	0.1637	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.96-2.02	0.1816	140	0.1596	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.02-2.08	0.1807	141	0.1605	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.08-2.14	0.1709	141	0.1611	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.14-2.22	0.1643	141	0.1501	2677	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.22-2.31	0.1733	140	0.1449	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.31-2.41	0.2009	141	0.156	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.41-2.54	0.1553	141	0.1464	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.54-2.7	0.1912	141	0.1527	2662	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.7-2.91	0.1909	140	0.1531	2673	X-RAY DIFFRACTION	97.61
2.91-3.2	0.1537	140	0.1324	2655	X-RAY DIFFRACTION	97.25
3.2-3.66	0.1441	140	0.1228	2667	X-RAY DIFFRACTION	96.83
3.66-4.61	0.1226	141	0.0989	2673	X-RAY DIFFRACTION	96.27
4.61-39.82	0.1338	150	0.119	2853	X-RAY DIFFRACTION	98.46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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