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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7av7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of S-nitrosylated nitrosoglutathione reductase(GSNOR)from Chlamydomonas reinhardtii, in complex with NAD+ | |||||||||
要素 | S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Zinc-binding dehydrogenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / : / nucleotide binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Falini, G. / Lemaire, S.D. | |||||||||
資金援助 | イタリア, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Redox Biol / 年: 2020 タイトル: Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Tagliani, A. / Rossi, J. / Marchand, C.H. / De Mia, M. / Tedesco, D. / Gurrieri, L. / Meloni, M. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Zaffagnini, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7av7.cif.gz | 425.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7av7.ent.gz | 351.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7av7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7av7_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7av7_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7av7_validation.xml.gz | 82.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7av7_validation.cif.gz | 108.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40484.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CHLRE_12g543400v5 / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2K3D6R4, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12% w/v PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl, 0.1 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9137 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日 / 詳細: Cilindrical Mirror with 50 nm Pt-coating | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9137 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→48.623 Å / Num. obs: 195324 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 3.2 / Net I/σ(I): 8.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7AAU 解像度: 2.9→48.5282 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.9 Å2 / Biso mean: 37.0267 Å2 / Biso min: 7.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→48.5282 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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