PDB-7abb: The truncated structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7abb

タイトル

The truncated structure of the Bottromycin biosynthetic protein SalCYP

要素

SalCYP truncation

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) /

Cytochrome (シトクロム) /

P450 (シトクロムP450) /

Bottromycin

機能・相同性

HEME C

機能・相同性情報

生物種

Salinispora tropica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.50004339457 Å

データ登録者

Adam, S. / Koehnke, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Characterization of the Stereoselective P450 Enzyme BotCYP Enables the In Vitro Biosynthesis of the Bottromycin Core Scaffold.
著者: Adam, S. / Franz, L. / Milhim, M. / Bernhardt, R. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.

履歴

登録	2020年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7abb.cif.gz	272.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7abb.ent.gz	183.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7abb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/7abb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7abaSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xkr-d 6fsh-1 2rfb-1 5it1-1 4fb2-2 1f24-d 1f25-d 6j83-d 4oqs-d 1mbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SalCYP truncation

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.538, 96.538, 49.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁
Space group name Hall	P4w
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+1/4 #3: y,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	SalCYP truncation 分子量: 43780.660 Da / 分子数: 1 / 変異: A199T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C / Heme C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG8000, Glycerol, Magnesium acetate, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→68.26 Å / Num. obs: 73906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.3884898734 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.889 / Num. unique obs: 10737

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ABA

7aba

解像度: 1.50004339457→48.269 Å / SU ML: 0.149346541196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34368568842 / 位相誤差: 21.7436909169
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181174718663	3691	4.99918734424 %
R_work	0.163416007036	70141	-
obs	0.164302924969	73832	99.8904117002 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.1858038443 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.50004339457→48.269 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2939	0	0	306	3245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00808667010949	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96595092741	4141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525586885495	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00662916568899	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8418966389	1763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.50005-1.5198	0.284740920353	134	0.308322326471	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.8577018855
1.5198-1.5406	0.333614608186	158	0.272799968518	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.9294532628
1.5406-1.5626	0.267619131528	115	0.258826203603	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.9298491757
1.5626-1.5859	0.275543276674	140	0.233762868911	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.8563734291
1.5859-1.6107	0.26063834948	119	0.229954860288	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.7904296193
1.6107-1.6371	0.213124088509	159	0.215202760984	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.8570407434
1.6371-1.6654	0.227945398463	153	0.19925466436	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.8601887452
1.6654-1.6956	0.227817319166	154	0.191989566263	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.8568360773
1.6956-1.7283	0.234135780746	149	0.181526798769	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.9647887324
1.7283-1.7635	0.204995156474	122	0.178661671109	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7635-1.8019	0.166282037305	158	0.167862248866	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.8597967052
1.8019-1.8438	0.189901065649	146	0.166407326733	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.8581057112
1.8438-1.8899	0.177696978855	135	0.160759017875	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.9285203717
1.8899-1.941	0.185061081373	160	0.154603479382	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.8955795336
1.941-1.9981	0.190450127725	134	0.144628577586	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.9645892351
1.9981-2.0626	0.177062940648	138	0.144230545232	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0626-2.1363	0.163794818412	128	0.143082333781	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.9649859944
2.1363-2.2219	0.170363329747	149	0.142731721247	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2219-2.323	0.161816046624	150	0.141145068889	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.323-2.4455	0.169305283427	140	0.137040981725	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.3316918748
2.4455-2.5987	0.164227001563	148	0.142589691947	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.8252969951
2.5987-2.7993	0.175026155638	112	0.140363970501	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.9649245879
2.7993-3.081	0.150279446208	162	0.150138565453	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.9651446497
3.081-3.5267	0.178069717894	143	0.15085325544	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5267-4.4428	0.165406786497	138	0.149373203213	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4428-48.268	0.18869826445	147	0.19652884263	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.7307303938

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.87880060591	0.621469438331	-1.7856302023	1.22130265829	-0.384104430693	1.38429298913	0.0501982756182	0.302278721523	0.298699695691	-0.167842164451	0.0258893360305	0.00754457585613	-0.0225462675975	-0.0921222058216	-0.0500389312055	0.214849107842	-0.00289564251934	-0.0232653100276	0.168126340168	0.0216019417179	0.153351467261	28.4921053897	37.4802191143	-8.27854662575
2	1.80557302221	-0.00540145033899	-0.348956244884	2.29865646704	-0.0333766147562	0.550798251206	0.0340351535817	0.160461525874	0.0963423330765	-0.25612005097	-0.0166569100952	0.188714993965	-0.0459472357518	-0.0623137689418	-0.000454595498284	0.162404720935	0.00147223072329	-0.0242103303982	0.154980823147	0.0140949054747	0.119049778833	9.77446659692	24.3553776366	-3.10549471296
3	2.29304911852	1.59890593962	-0.71248671597	5.7086229593	-3.5785487336	3.89705316474	0.0206633192936	-0.105372864824	-0.0475994375981	0.07817173239	-0.123585098697	-0.242149422469	-0.0637142273449	0.142742515452	0.0911966782868	0.117900267125	0.0213694579794	0.00841480856163	0.144220569533	-0.0266813063484	0.153259601966	33.6999941592	31.8935756394	-1.9229676489
4	1.55070711226	0.17834418268	-0.297334592823	4.45312987383	0.219147900091	0.902081780498	-0.0238296942775	-0.00121291578595	-0.0292162896961	-0.132031078481	0.0436890891867	-0.0974096893794	0.0215056817462	0.0269011508631	-0.0375315056928	0.128655718008	0.000975387081314	-0.0311306869485	0.168950198708	0.00497740755707	0.115806143919	20.1556452338	16.1921112368	-0.0550612742315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 110 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 290 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 291 through 344 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 345 through 400 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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