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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a8x | ||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikC with the HMA domain of Pikh-1 from rice (Oryza sativa) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / Fungal effector / HMA domain / NLR protein / MAX effector | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) Magnaporthe oryzae (イネいもち病菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Maidment, J.H.R. / Xiao, G. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021 タイトル: The allelic rice immune receptor Pikh confers extended resistance to strains of the blast fungus through a single polymorphism in the effector binding interface. 著者: De la Concepcion, J.C. / Maidment, J.H.R. / Longya, A. / Xiao, G. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: The allelic rice immune receptor Pikh confers extended resistance to strains of the blast fungus through a single polymorphism in the effector binding interface 著者: De la Concepcion, J.C. / Maidment, J.H.R. / Longya, A. / Xiao, G. / Franceschetti, M. / Banfield, M.J. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a8x.cif.gz | 176.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a8x.ent.gz | 137.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/7a8x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8234.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Pi-km1, Pikh-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5L9G5 #2: タンパク質 | 分子量: 10847.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958) (イネいもち病菌) 株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_15972 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4MXW3 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.12 M Monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M Buffer system 1 (1 M Imidazole; MES monohydrate ...詳細: 0.12 M Monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M Buffer system 1 (1 M Imidazole; MES monohydrate (acid)) pH 6.5; 50% v/v Precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500; MME; 20 % w/v PEG 20000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→107.84 Å / Num. obs: 25847 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.7 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7A8W 解像度: 2.3→65.922 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 14.014 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.295 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.185 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→65.922 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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