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- PDB-6zvh: EDF1-ribosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zvh
タイトルEDF1-ribosome complex
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • Cell growth-regulating nucleolar protein
  • E-site tRNA
  • Endothelial differentiation-related factor 1
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / frameshifting (フレームシフト突然変異) / collision (衝突)
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell differentiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation ...endothelial cell differentiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / IRE1-RACK1-PP2A complex / nucleolus organization / : / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / laminin receptor activity / oxidized purine DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / negative regulation of phagocytosis / NF-kappaB complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / transcription regulator inhibitor activity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / 顔料 / protein kinase A binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / ion channel inhibitor activity / erythrocyte development / Translation initiation complex formation / phagocytic cup / positive regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of cell division / ヒドロキシル化 / MTOR / iron-sulfur cluster binding / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Selenocysteine synthesis / monocyte chemotaxis / Formation of a pool of free 40S subunits / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Eukaryotic Translation Termination / ribosomal small subunit export from nucleus / TFIID-class transcription factor complex binding / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / translation regulator activity / Viral mRNA Translation / regulation of lipid metabolic process / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / photoreceptor outer segment / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / gastrulation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 小胞体 / regulation of translational fidelity / spindle assembly / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of DNA binding / laminin binding / Protein methylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / rescue of stalled ribosome / signaling adaptor activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of cell cycle / positive regulation of phagocytosis / translation initiation factor binding / stress granule assembly / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / maturation of SSU-rRNA
類似検索 - 分子機能
Multiprotein bridging factor 1, N-terminal / Zinc finger, C2H2, LYAR-type / Cell growth-regulating nucleolar protein / Multiprotein bridging factor 1 / LYAR-type C2HC zinc finger / Zinc finger C2HC LYAR-type profile. / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Ubiquitin-like protein FUBI / 40S ribosomal protein SA ...Multiprotein bridging factor 1, N-terminal / Zinc finger, C2H2, LYAR-type / Cell growth-regulating nucleolar protein / Multiprotein bridging factor 1 / LYAR-type C2HC zinc finger / Zinc finger C2HC LYAR-type profile. / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Ubiquitin-like protein FUBI / 40S ribosomal protein SA / ヘリックスターンヘリックス / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / : / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Endothelial differentiation-related factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Endothelial differentiation-related factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Cell growth-regulating nucleolar protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Best, K.M. / Denk, T. / Cheng, J. / Thoms, M. / Berninghausen, O. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: EDF1 coordinates cellular responses to ribosome collisions.
著者: Niladri K Sinha / Alban Ordureau / Katharina Best / James A Saba / Boris Zinshteyn / Elayanambi Sundaramoorthy / Amit Fulzele / Danielle M Garshott / Timo Denk / Matthias Thoms / Joao A Paulo ...著者: Niladri K Sinha / Alban Ordureau / Katharina Best / James A Saba / Boris Zinshteyn / Elayanambi Sundaramoorthy / Amit Fulzele / Danielle M Garshott / Timo Denk / Matthias Thoms / Joao A Paulo / J Wade Harper / Eric J Bennett / Roland Beckmann / Rachel Green /
要旨: Translation of aberrant mRNAs induces ribosomal collisions, thereby triggering pathways for mRNA and nascent peptide degradation and ribosomal rescue. Here we use sucrose gradient fractionation ...Translation of aberrant mRNAs induces ribosomal collisions, thereby triggering pathways for mRNA and nascent peptide degradation and ribosomal rescue. Here we use sucrose gradient fractionation combined with quantitative proteomics to systematically identify proteins associated with collided ribosomes. This approach identified Endothelial differentiation-related factor 1 (EDF1) as a novel protein recruited to collided ribosomes during translational distress. Cryo-electron microscopic analyses of EDF1 and its yeast homolog Mbf1 revealed a conserved 40S ribosomal subunit binding site at the mRNA entry channel near the collision interface. EDF1 recruits the translational repressors GIGYF2 and EIF4E2 to collided ribosomes to initiate a negative-feedback loop that prevents new ribosomes from translating defective mRNAs. Further, EDF1 regulates an immediate-early transcriptional response to ribosomal collisions. Our results uncover mechanisms through which EDF1 coordinates multiple responses of the ribosome-mediated quality control pathway and provide novel insights into the intersection of ribosome-mediated quality control with global transcriptional regulation.
履歴
登録2020年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11456
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11456
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA
A: 40S ribosomal protein SA
B: 40S ribosomal protein S3a
D: 40S ribosomal protein S3
E: 40S ribosomal protein S4, X isoform
F: 40S ribosomal protein S5
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
K: 40S ribosomal protein S10
L: 40S ribosomal protein S11
P: 40S ribosomal protein S15
Q: 40S ribosomal protein S16
R: 40S ribosomal protein S17
S: 40S ribosomal protein S18
T: 40S ribosomal protein S19
U: 40S ribosomal protein S20
V: 40S ribosomal protein S21
X: 40S ribosomal protein S23
a: 40S ribosomal protein S26
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
g: Receptor of activated protein C kinase 1
C: 40S ribosomal protein S2
G: 40S ribosomal protein S6
J: 40S ribosomal protein S9
M: 40S ribosomal protein S12
N: 40S ribosomal protein S13
O: 40S ribosomal protein S14
W: 40S ribosomal protein S15a
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S25
b: 40S ribosomal protein S27
e: 40S ribosomal protein S30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
x: E-site tRNA
y: Cell growth-regulating nucleolar protein
i: Endothelial differentiation-related factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,169,78770
ポリマ－1,168,86137
非ポリマー92533
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 2x

#1: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 561308.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#35: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24004.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABDEFHIKLPQRSTUVXacdCGJMNOWYZbe

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24774.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 25172.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / リボソーム / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 21327.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 21603.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 17785.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 15156.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16249.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17029.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 15822.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 11742.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 24587.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 13661.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 15014.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15203.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#33: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S30 / / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 4896.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861

-
タンパク質 , 4種, 4分子 gfyi

#22: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#34: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 7884.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#36: タンパク質 Cell growth-regulating nucleolar protein


分子量: 8557.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX58
#37: タンパク質 Endothelial differentiation-related factor 1 / EDF-1 / Multiprotein-bridging factor 1 / MBF1


分子量: 12330.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60869

-
非ポリマー , 2種, 33分子

#38: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: EDF1-ribosome complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#37 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81976 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 55.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008384190
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.934122263
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.053515129
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00628827
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.309727281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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