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- PDB-6zqh: Yeast Uba1 in complex with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zqh
タイトルYeast Uba1 in complex with ubiquitin
要素
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Ubiquitin (ユビキチン) / E1
機能・相同性
機能・相同性情報


ユビキチン活性化酵素 / Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation ...ユビキチン活性化酵素 / Neddylation / ubiquitin activating enzyme activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Zinc-binding ribosomal protein / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-activating enzyme E1 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.032 Å
データ登録者Misra, M. / Schindelin, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK 2243 ドイツ
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Development of ADPribosyl Ubiquitin Analogues to Study Enzymes Involved in Legionella Infection.
著者: Kim, R.Q. / Misra, M. / Gonzalez, A. / Tomaskovic, I. / Shin, D. / Schindelin, H. / Filippov, D.V. / Ovaa, H. / Dikic, I. / van der Heden van Noort, G.J.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,80013
ポリマ－245,9254
非ポリマー8759
水27,6711536
1
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3957
ポリマ－122,9632
非ポリマー4335
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area46200 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4056
ポリマ－122,9632
非ポリマー4434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.868, 173.172, 214.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...
21(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...
12(chain B and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))
22(chain D and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A12 - 15
121(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A17 - 88
131(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A90 - 100
141(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A102 - 120
151(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A284 - 368
161(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A370 - 388
171(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A390 - 4508
181(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A510508
191(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A510 - 545
1101(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A547 - 57747
1111(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A74983
1121(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A585 - 747
1131(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A749 - 851
1141(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A934932
1151(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A934 - 99
1161(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A994 - 1003
1171(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A1005 - 1021
1181(chain A and (resid 12 through 15 or resid 17...A1023 - 1024
211(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C12 - 15
221(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C17 - 88
231(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C90 - 100
241(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C264 - 282
251(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C284 - 368
261(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C370 - 388
271(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C390 - 4508
281(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C510508
291(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C510 - 545
2101(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C547 - 57747
2111(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C74983
2121(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C585 - 747
2131(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C749 - 786
2141(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C872870
2151(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C872 - 93
2161(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C934 - 992
2171(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C994 - 1003
2181(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C1005 - 1021
2191(chain C and (resid 12 through 15 or resid 17...C1023 - 1024
112(chain B and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))B1 - 38
122(chain B and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))B40 - 73
132(chain B and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))B75 - 76
142(chain B and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))B101
212(chain D and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))D1 - 38
222(chain D and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))D40 - 73
232(chain D and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))D75 - 76
242(chain D and (resid 1 through 38 or resid 40 through 73 or resid 75 through 76 or resid 101))D101

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1


分子量: 114393.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22515, ユビキチン活性化酵素
#2: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05759

-
非ポリマー , 4種, 1545分子

#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium formate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.026→46.16 Å / Num. obs: 131321 / % possible obs: 70.4 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.026→2.105 Å / Num. unique obs: 6564 / CC1/2: 0.357

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm


解像度: 2.032→46.158 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 3250 2.5 %
Rwork0.1951 126509 -
obs0.1959 129759 70.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.18 Å2 / Biso mean: 42.8539 Å2 / Biso min: 11.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.032→46.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17079 0 127 1561 18767
Biso mean--53.68 37.32 -
残基数----2163
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9459X-RAY DIFFRACTION6.286TORSIONAL
12C9459X-RAY DIFFRACTION6.286TORSIONAL
21B715X-RAY DIFFRACTION6.286TORSIONAL
22D715X-RAY DIFFRACTION6.286TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0322-2.06250.573820.35841922
2.0625-2.09470.492770.32154035
2.0947-2.12910.4019100.31916608
2.1291-2.16580.3129320.2998113
2.1658-2.20520.3246450.288131617
2.2052-2.24760.2739440.2889196525
2.2476-2.29340.3111670.2849279936
2.2934-2.34330.3321910.2823376348
2.3433-2.39780.31181500.2775517367
2.3978-2.45780.30981720.2792706691
2.4578-2.52420.29132020.277774299
2.5242-2.59850.30441730.26497792100
2.5985-2.68240.30252090.25647769100
2.6824-2.77820.25231850.24487795100
2.7782-2.88940.2752090.2377757100
2.8894-3.02090.27262020.22177795100
3.0209-3.18020.25871970.21457849100
3.1802-3.37940.22952140.18277812100
3.3794-3.64020.1782090.16597863100
3.6402-4.00630.191980.14587890100
4.0063-4.58560.15292030.12637907100
4.5856-5.77560.17012140.14617969100
5.7756-46.1580.21092150.1767825199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22230.4791-0.21970.93-0.25160.8454-0.03710.0642-0.0603-0.02030.06330.06320.14870.0034-00.22030.0158-0.02120.1633-0.04660.2139-10.883-31.077143.17
20.94930.21510.4311.00540.15131.3431-0.06950.11140.0295-0.0640.0625-0.0646-0.06580.19390.0040.09320.01020.01890.1599-0.02560.15925.9748-14.515646.0665
3-0.14330.30230.15640.9817-0.2078-0.05640.1247-0.1271-0.02140.3688-0.06260.04030.06160.02470.00160.26890.00450.00540.2058-0.00510.2323-3.8207-27.248970.2681
41.0381-0.14130.52490.604-0.53320.655-0.0571-0.64250.1670.55230.0494-0.0576-0.249-0.15650.01380.61490.0321-0.17610.49250.02880.3933-1.6745-56.630384.818
51.57030.56980.97941.8655-0.01041.88480.0066-0.0842-0.2360.27970.09250.18330.1171-0.0455-0.00150.3018-0.0441-0.04420.16770.07990.2424-16.4317-56.919272.2663
61.62880.02860.34941.5683-0.57361.11530.1199-0.3505-0.13520.31020.00620.08170.0723-0.07670.0030.3743-0.014-0.05560.26620.01780.2513-8.624-53.80875.1447
70.96390.54710.53990.43540.6322.33440.108-0.43370.0060.2117-0.10850.00380.01760.0991-0.00010.26740.01230.00780.3365-0.02040.25825.7886-9.715380.9962
80.036-0.020.05520.0161-0.02390.07890.07360.3295-0.0279-0.2798-0.04860.3631-0.009-0.0748-00.17930.0434-0.04730.272-0.04540.3191-24.1466-12.216156.9411
90.18610.06460.05360.0516-0.01190.2066-0.0604-0.2586-0.09910.0494-0.07920.2220.0988-0.090200.20860.03480.02520.2781-0.05770.3751-24.3243-11.864161.2142
100.1081-0.0117-0.00880.1271-0.11490.1418-0.0821-0.0591-0.11640.61590.26990.4741-0.036-0.09970.00090.2420.01990.07270.33530.00460.3616-23.0611-13.982868.3846
113.58222.37791.30772.15530.8180.48390.2833-1.0827-0.50090.67410.0167-0.32520.37240.16580.14290.30120.09380.0480.28920.01270.2951-14.9809-16.602467.7804
121.5263-0.4740.67820.7689-0.43950.3893-0.336-0.76850.67880.39240.3063-0.362-0.4034-0.0703-0.00130.16520.032-0.03710.2728-0.09860.3286-14.0013-4.793763.9206
130.37350.0749-0.29230.0244-0.05750.2270.1770.65390.5902-0.3558-0.02020.5308-0.438-0.42330.02340.22530.0378-0.01840.3653-0.01550.4561-21.059-2.350957.7402
140.3737-0.01380.08830.10020.03160.41290.1601-0.2007-0.2088-0.0812-0.19370.22050.1409-0.30160.01890.1676-0.0313-0.0110.15630.00550.2145-9.0741-20.319160.9825
150.64350.10120.10951.182-0.20941.6576-0.04390.08830.01-0.0609-0.0401-0.30510.0460.2136-0.00030.14030.0066-0.01180.18330.00260.2808-16.9776-66.171538.4065
160.9627-0.34030.62481.787-0.36081.50710.04580.07710.0580.0887-0.00870.1438-0.287-0.1581-00.25920.0091-0.00160.27890.00410.3276-36.5754-30.992738.2519
170.84850.0368-0.00391.3396-0.2831.1729-0.02510.094-0.0584-0.20270.02770.01630.0712-0.0645-0.00040.1595-0.0122-0.02050.1429-0.02440.1933-33.0026-73.813232.4068
180.03930.2616-0.16310.3343-0.153-0.11880.01720.15630.1324-0.3864-0.02970.1536-0.0262-0.121100.3808-0.0175-0.09320.34520.01280.3138-43.2191-56.049916.1979
190.4536-0.351-0.21021.30720.24910.3982-0.02540.7936-0.1722-0.644-0.02020.3117-0.0852-0.49620.00080.534-0.1021-0.06930.7192-0.04310.3423-27.9717-35.1869-5.6555
201.32591.07190.38792.1833-0.1262.5073-0.0080.11460.2266-0.00730.1101-0.0544-0.22550.04420.00160.3183-0.0378-0.01140.2710.0270.1407-21.6122-24.70168.9525
211.35590.2-0.38532.30510.09441.7069-0.1250.4320.1194-0.31850.1290.1871-0.167-0.17950.00030.4292-0.0714-0.03870.44090.04760.2606-23.7203-29.23021.1716
220.15750.0904-0.35930.3779-0.56611.25840.02320.1359-0.0226-0.24490.02770.10570.2337-0.27930.01550.2703-0.0373-0.09050.2848-0.02580.2402-46.3681-63.824318.9832
230.5053-0.23510.34760.5404-0.46090.8381-0.15530.41910.6138-0.50020.0618-0.20190.40630.03210.00280.7276-0.2758-0.10580.89040.07860.5549-63.7079-68.8463-5.9492
240.1048-0.1392-0.09470.29560.13030.0736-0.0382-0.87440.05210.898-0.1610.4224-0.1113-0.2977-0.00790.44230.0298-0.0250.5255-0.05940.4463-51.5281-48.837840.9693
250.12470.108-0.20280.0977-0.16840.3022-0.2587-0.13040.40980.225-0.00720.4183-0.67960.1816-0.00320.32010.0487-0.09640.4448-0.03180.5551-47.5551-46.047437.7688
260.0018-0.00330.0010.0063-0.00390.0166-0.1117-0.57330.40190.18470.1562-0.0767-0.4008-0.0964-00.32990.0381-0.02430.53740.01640.8075-63.8021-50.120237.9409
270.28610.0318-0.34720.0095-0.04630.42220.3193-0.28070.46230.01130.41280.2708-0.2365-0.30740.04390.38380.0567-0.11340.4440.02390.5639-55.9229-45.385830.7465
280.0341-0.0845-0.04340.31590.03470.06950.12240.22380.0858-0.5092-0.17750.1602-0.2205-0.07840.01040.36460.0452-0.11450.38070.07460.4921-51.1285-50.393725.5371
290.2315-0.0512-0.05180.3420.08770.1839-0.171-0.24140.22370.15650.04620.7417-0.0344-0.3161-0.00120.33270.0199-0.02090.41750.01510.4665-55.9214-56.962536.4425
300.0347-0.02660.00530.0420.03140.04680.01940.29540.4134-0.5428-0.1075-0.1629-0.36720.2168-0.00010.3517-0.0764-0.02590.29790.02080.309-38.382-55.872121.3838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 264 )A12 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 265 through 545 )A265 - 545
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 546 through 624 )A546 - 624
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 625 through 684 )A625 - 684
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 685 through 754 )A685 - 754
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 755 through 866 )A755 - 866
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 867 through 1024 )A867 - 1024
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 7 )B1 - 7
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 22 )B8 - 22
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 23 through 34 )B23 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 35 through 44 )B35 - 44
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 45 through 56 )B45 - 56
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 57 through 65 )B57 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 76 )B66 - 76
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 12 through 166 )C12 - 166
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 167 through 264 )C167 - 264
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 265 through 545 )C265 - 545
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 546 through 608 )C546 - 608
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 609 through 668 )C609 - 668
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 669 through 754 )C669 - 754
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 755 through 844 )C755 - 844
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 845 through 949 )C845 - 949
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 950 through 1024 )C950 - 1024
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1 through 7 )D1 - 7
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 8 through 16 )D8 - 16
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 17 through 22 )D17 - 22
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 23 through 34 )D23 - 34
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 35 through 44 )D35 - 44
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 45 through 70 )D45 - 70
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 71 through 76 )D71 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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