PDB-6zp1: Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, singl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zp1

タイトル

Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer (K986P, V987P, single Arg S1/S2 cleavage site) in Closed State

要素

Spike glycoprotein

スパイクタンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) /

SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) /

Spike protein (スパイクタンパク質) /

S protein / S antigen /

COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) /

receptor binding (受容体) /

membrane fusion /

vaccine design (ワクチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Xiong, X. / Qu, K. / Scheres, S.H.W. / Briggs, J.A.G.

資金援助

英国, European Union,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/16	英国
European Research Council (ERC)	ERC-CoG-648432	European Union
German Research Foundation (DFG)	240245660 - SFB1129	ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_A025_1013	英国

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: A thermostable, closed SARS-CoV-2 spike protein trimer.
著者: Xiaoli Xiong / Kun Qu / Katarzyna A Ciazynska / Myra Hosmillo / Andrew P Carter / Soraya Ebrahimi / Zunlong Ke / Sjors H W Scheres / Laura Bergamaschi / Guinevere L Grice / Ying Zhang / / ...
要旨: The spike (S) protein of SARS-CoV-2 mediates receptor binding and cell entry and is the dominant target of the immune system. It exhibits substantial conformational flexibility. It transitions from ...

履歴

登録	2020年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2020年8月12日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.3	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.0	2021年5月26日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 4.0	2021年6月2日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-11333 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zp1.cif.gz	559.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zp1.ent.gz	462.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/6zp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	11333MC 11329C 11330C 11331C 11332C 11334C 6zoxC 6zoyC 6zozC 6zp0C 6zp2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zoy-d 11719 11330 11639 7lwk-d 7m0j-d 6zp0-d 6zox-d 7ke6-d 6679 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike glycoprotein

B: Spike glycoprotein

C: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

429 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質

Spike glycoprotein /

スパイクタンパク質 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein

分子量: 138278.828 Da / 分子数: 3 / 変異: K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / Variant: K986P / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: SARS-CoV-2 Spike Protein Trimer / タイプ: COMPLEX / 詳細: K986P, V987P, Single Arg S1/S2 cleavage site / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	値 (°)	実験値
1	1	0.413 MDa	YES
2	1	3.978 MDa	YES
3	1	0.028 MDa	YES

由来(天然)

生物種:

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
株: WIV-04

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293 / プラスミド: pCDNA3.1

緩衝液

pH: 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	148 mM	sodium chloride塩化ナトリウム	NaCl塩化ナトリウム	1
2	8 mM	disodium hydrogen phospahte	Na₂HPO₄	1
3	2 mM	potassium dihydrogen phospahte	KH₂PO₄	1
4	0.01 %	octyl glucoside	C₁₄H₂₈O₆	1

試料

濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドのタイプ: C-flat-2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4563
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	RELION	3.1	粒子像選択	Used for template picking
2	SerialEM	3.8	画像取得
4	CTFFIND	4.1.13	CTF補正
7	Coot	0.9	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.18.2	モデル精密化
10	RELION	3.1	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1	分類
13	RELION	3.1	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 3376871 / 詳細: template picking

対称性

点対称性: C₃ (3回回転対称

)

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59857 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 117 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient

原子モデル構築

PDB-ID: 6VXX

6vxx

PDB chain-ID: A

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.01	25263
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.264	34374
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.949	3657
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.077	4080
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.008	4389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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