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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zhi | ||||||
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タイトル | Structure of the Plasmodium falciparum Hsp70-x substrate binding domain in complex with hydrophobic peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / malaria (マラリア) / erythrocyte remodelling / PfHsp70-x / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Schmidt, J. / Vakonakis, I. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallographica Section F タイトル: Structure of the PfHsp70-x SBD 著者: Schmidt, J. / Vakonakis, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zhi.cif.gz | 269.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zhi.ent.gz | 213.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zhi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/6zhi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4po2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25835.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0831700 / プラスミド: pFLOAT 詳細 (発現宿主): pET30a derivative with His-tag and 3C cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: K7NTP5 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 786.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine/2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol base 10% w/v PEG 20,000 20% w/v PEG MME 550 0.03 M of each of di- to penta-ethyleneglycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→93.89 Å / Num. obs: 17457 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 94.35 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.31 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 1.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 796 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.777 / Rrim(I) all: 2.016 / % possible all: 94.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PO2 解像度: 3.25→84.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.635
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原子変位パラメータ | Biso mean: 152.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.25→84.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.25→3.28 Å / Total num. of bins used: 42
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精密化 TLS | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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