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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z6a | |||||||||
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タイトル | Keap1 macrocycle complex | |||||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | |||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / macrocycle (大員環化合物) / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Johansson, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Mining Natural Products for Macrocycles to Drug Difficult Targets. 著者: Begnini, F. / Poongavanam, V. / Over, B. / Castaldo, M. / Geschwindner, S. / Johansson, P. / Tyagi, M. / Tyrchan, C. / Wissler, L. / Sjo, P. / Schiesser, S. / Kihlberg, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z6a.cif.gz | 237.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z6a.ent.gz | 190.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zgkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32064.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 #2: 化合物 | ChemComp-Q9E / ( | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200 nL of protein (11-13 mg / mL) and 200 nL of well solution (3.7 to 4.1 M ammonium acetate, 0.09 M sodium acetate pH 4.6 and 10 mM cadmium chloride). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.07227 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.37→47.37 Å / Num. obs: 48272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 80.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 312117 / Scaling rejects: 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZGK 解像度: 2.37→47.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
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原子変位パラメータ | Biso max: 151.36 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 46.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.37→47.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.37→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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