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万見
- PDB-6yx5: Structure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yx5
タイトルStructure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with human Rab8a
要素
  • Multifunctional virulence effector protein DrrA
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードCELL INVASION / vesicular trafficking virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / AMPylase activity / vesicle-mediated transport in synapse / protein adenylyltransferase / regulation of protein transport / protein adenylylation / VxPx cargo-targeting to cilium ...: / protein guanylylation / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / AMPylase activity / vesicle-mediated transport in synapse / protein adenylyltransferase / regulation of protein transport / protein adenylylation / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / vesicle docking involved in exocytosis / regulation of exocytosis / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / non-motile cilium / host cell cytoplasmic vesicle / endocytic recycling / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / ciliary base / regulation of GTPase activity / Golgi organization / protein secretion / cilium assembly / phagocytic vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine kinase binding / 中心小体 / 軸索誘導 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / trans-Golgi network membrane / ciliary basal body / regulation of autophagy / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein localization to plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / 繊毛 / small GTPase binding / オートファジー / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / シナプス小胞 / protein guanylyltransferase activity / midbody / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / endosome membrane / エンドソーム / ゴルジ体 / GTPase activity / 中心体 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / GTP binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. ...DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Chem-LJN / ras-related protein Rab-8A / Ras-related protein Rab-8A / Multifunctional virulence effector protein DrrA
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Schneider, S. / Du, J. / von Wrisberg, M.K. / Lang, K. / Itzen, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC114 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Rab1-AMPylation by Legionella DrrA is allosterically activated by Rab1.
著者: Du, J. / Wrisberg, M.V. / Gulen, B. / Stahl, M. / Pett, C. / Hedberg, C. / Lang, K. / Schneider, S. / Itzen, A.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Multifunctional virulence effector protein DrrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,79913
ポリマ－58,8792
非ポリマー1,92011
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, ATP analogue used to stabilise weak DrrA-Rab8a complex Validated by mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.309, 142.309, 76.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A


分子量: 20042.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: recombinant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab8a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U7REJ8, UniProt: P61006*PLUS
#2: タンパク質 Multifunctional virulence effector protein DrrA


分子量: 38837.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue number 1 disordered L197C
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q29ST3

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糖 , 1種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-LJN / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 352.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N4O8P
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M bicine, pH 9, 2.4M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→48.06 Å / Num. obs: 49091 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 43.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.206 / Net I/σ(I): 15.57
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 2.43 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 4745 / CC1/2: 0.43 / CC star: 0.775 / Rpim(I) all: 0.57 / Rrim(I) all: 2.5 / % possible all: 96.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NKU, 4LHV

3nku

4lhv


解像度: 2.14→48.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.681 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.159
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 2441 5 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
obs0.2084 46650 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.26 Å2 / Biso mean: 50.306 Å2 / Biso min: 25.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.03 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→48.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 116 113 4344
Biso mean--69 43.06 -
残基数----512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.6665830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1481.5989336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08723.017232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76915805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7771527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02866
LS精密化 シェル解像度: 2.144→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 163 -
Rwork0.35 3308 -
obs--95.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1061-0.5065-0.10953.0705-0.42531.98610.07840.3427-0.1944-0.5316-0.1020.08130.18240.00740.02360.18580.0655-0.03080.1669-0.03110.0239-20.711-71.8810.375
22.3614-1.0380.46670.9877-0.25331.075-0.089-0.05320.22930.05120.0702-0.2037-0.22180.09190.01880.15950.01530.00830.1828-0.03130.0466-11.643-53.47322.761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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